一、奶牛基因组分析研究进展（论文文献综述）
刘丽元[1]（2021）在《GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究》文中研究说明本研究以宁夏地区荷斯坦奶牛为研究对象,基于系谱信息、生产性能测定（DHI）记录和GGP Bovine 150k SNP基因型数据,利用随机回归测定日模型、全基因组关联分析（GWAS）、基因组拷贝数变异（CNV）和杂合性缺失（ROH）等分析策略定位和挖掘影响荷斯坦奶牛重要生产性状的分子标记、基因组结构变异区域和相关候选基因,探索试验群体在选育和进化过程中留下的基因组选择信号,结果表明:（1）运用随机回归测定日模型对宁夏荷斯坦奶牛第一个泌乳期5个产奶性状和体细胞评分（SCS）进行遗传分析,结果表明该群体各性状的加性方差和永久环境方差均在泌乳初期和后期趋于较大,产量性状（产奶量、乳脂量和乳蛋白量）的遗传力在0.19～0.24之间、乳成分（乳脂率和乳蛋白率）的遗传力在0.39～0.42之间、体细胞评分（SCS）的遗传力为0.11。（2）利用GWAS分析策略鉴定到13个基因组区域（1Mb）、10个SNPs标记和一些已知和未知的候选基因（DGAT1、ABCG2、PTK2、TRAPPC9、SCARB1和SLCO1A2）对宁夏地区荷斯坦奶牛产奶性状和SCS有重要影响。此外,还筛选到一些具有多效性的基因（TIGAR、SPP1、LCORL、NCAPG和LAP3）不仅与牛产奶性状有关,还与乳房炎抗性、生长和屠宰等性状有关。（3）利用 PennCNV（ARS-UCD1.2）、PennCNV（UMD3.1）和 CNVPartition（UMD3.1）在试验群体常染色体基因组中检测到1,790、1,667和619个CNV区域（CNVRs）,其CNVR总长度分别占常染色体总长度的14.2%、13.7%和11.0%。其中,在ARS-UCD1.2基因组中检测到41个高频率CNVRs（群体频率大于5%）。在UMD3.1参考基因组的结果中,不同方法检测到的拷贝数变异区域在群体水平上表现较高的相似度,其重叠区域总长度约为168.71Mb,分别占比PennCNV 结果的 48.9%,占 CNVPartition 结果的 58.43%。（4）关联分析共筛选到23个CNVRs对该群体产奶性状和SCS有较大效应,其中,有6个CNVRs 与已知的产奶性状 QTLs 相重叠,有 5 个 CNVRs（CNVR213、CNVR470、CNVR1061、CNVR1298和CNVR1789）内包含有与奶牛产奶性状密切相关的重要候选基因。此外,本研究发现有55个样本在着名的DGAT1基因上存在拷贝数变异,由于该基因是已知与奶牛乳用性状显着相关的关键基因,探索该基因拷贝数变异对表型的影响也意义重大,目前已将这些个体例为后续验证群体名录。（5）在试验群体中共发现23个高频率ROH区域,其中有5个区域内含有大量已知的对奶牛表型有重要影响的候选基因。位于14号染色体的Win761窗口发现ROH的样本量超过总体的50%,该区域内含有大量与牛生长发育、体尺及采食量等性状显着相关的候选基因,其中包括着名的具有多效性的PLAG1和CHCHD7基因。此外,位于20号染色体ROH区域内的基因多与牛产奶性状相关,位于7、10和29号染色体上的选择区域内的候选基因多与牛繁殖性状相关。荷斯坦牛在品种培育过程中对奶牛体型、泌乳能力及公牛繁殖力等性状进行过强度选择,这些高频率的杂合性缺失区域既是该品种在选育过程中留下的选择信号。综上所述,本研究利用GWAS、CNV和ROH等基因组分析方法充分挖掘影响宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状的遗传变异和候选基因,研究结果可以为中国荷斯坦牛育种提供较为重要的基础数据,为解析荷斯坦奶牛重要性状的分子遗传机制提供线索,为后续进一步基因功能研究提供重要依据和设计思路,为未来奶牛更精准的基因组选择方案奠定基础。
苑晓萌[2]（2021）在《奶源金黄色葡萄球菌的流行特点及其噬菌体药效动力学研究》文中认为金黄色葡萄球菌是引起奶牛乳房炎最常见的病原菌之一。抗生素的滥用,不仅导致严重的多重耐药还会增加抗生素在牛奶中的残留,威胁公共卫生安全。噬菌体具有特异性强、毒副作用小等特点,展现了良好的杀菌作用,是一种理想的抗生素替代品。本研究首先通过宏基因组测序技术了解山东省生鲜牛乳中微生物多样性及群落结构,分离鉴定金黄色葡萄球菌及其特异性裂解性噬菌体。通过对金黄色葡萄球菌进行流行病学分析、噬菌体生物学特性、基因组学和药效动力学分析,探索噬菌体与抗生素联合抗菌作用的规律,为金黄色葡萄球菌噬菌体的研究和后续的治疗防控提供一定的理论基础。1.利用宏基因组测序技术对患有乳房炎、隐形乳房炎和正常奶牛的18份牛奶样品进行微生物菌群分析。结果显示:共获得845574条序列和5465个OTU。在属水平上,不同来源的牛奶样品之间优势细菌类群及其所占比例不同,Halomonas在乳房炎牛奶样品中所占比例最高为9.0%,Staphylococcus仅在隐形乳房炎牛奶样品中检测到,所占比例为13.5%,在正常牛奶样品中,Lactobacillus为优势菌,其丰度为33.9%。该研究为准确评估生鲜牛乳中的微生物群落及奶牛乳房炎的防治提供了理论依据。2.从山东省不同地区奶牛场418份生鲜牛乳样品中分离出121株金黄色葡萄球菌,分离率为28.9%,其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分离率为0.7%,金黄色葡萄球菌的多重耐药率为55.4%;主要毒力基因为sed、sec,分别占13.2%和8.3%;采用多位点序列分型（MLST）方法鉴定了18种不同的ST类型,以ST50、ST398为主,分别占13.2%、12.4%;表面蛋白A基因（spa）分型中以t034、t189为主,分别占12.4%和9.9%;经SCCmec基因分型发现携带mec A基因的MRSA为SCCmec III型。本研究可为山东地区生鲜牛乳中金黄色葡萄球菌的监测与防控,以及合理选择优质抗生素提供参考依据。3.对96株噬菌体进行裂解谱测定,发现对121株金黄色葡萄球菌裂解范围为3%-82.5%。选择两株裂解率高的噬菌体RPCSa20091、RPCSa20062进行生物学特性及基因组分析,经电镜观察两株噬菌体为有尾目噬菌体,噬菌体长度约194-294nm。2株噬菌体不耐高温但对酸碱有一定的抵抗力,RPCSa20091最佳感染复数为0.1,RPCSa20062最佳感染复数为0.01。进一步分析基因组序列,发现RPCSa20091的基因组大小为42829bp,GC含量为34.64%,预测到64个ORF,平均长度为210bp,RPCSa20062的基因组大小为43274bp,GC含量为34.09%,预测到63个ORF,平均长度为214bp。在预防和治疗金黄色葡萄球菌感染方面具有潜在的应用价值。4.初步建立了噬菌体药理学体系与研究方法,发现经噬菌体处理后的宿主菌对头孢噻呋、多西环素、庆大霉素的MIC会显着降低。在噬菌体与细菌药效动力学中,金黄色葡萄球菌噬菌体RPCSa20091的效价达到1011pfu·mL-1时,可以在短时间内抑制宿主菌的数量。恩诺沙星与噬菌体RPCSa20091联合作用使MIC从4μg·mL-1降低至2μg·mL-1,表明恩诺沙星和噬菌体具有协同作用。该研究为应用噬菌体与抗生素联合制剂来治疗防控奶牛乳房炎提供了理论依据。
朱韶华[3]（2021）在《高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究》文中研究说明高山美利奴羊是在高山寒旱生态区育成的羊毛纤维直径主体为19.1～21.5μm的一流毛肉兼用美利奴羊新品种,常年生活在高海拔寒旱地区,具有生产性能高、羊毛综合品质优和高原低氧适应性强等特点。与之突出特点相关的羊毛品质和抗高原缺氧等重要性状的基因组选择和全基因组关联分析研究仍处于起步阶段,如何提高育种值估计准确性来缩短世代间隔、加速遗传进展及挖掘与重要性状关联的候选基因已成为高山美利奴羊选育提高和品种完整结构建设中亟需解决的问题。本研究通过基因组选择和全基因组关联分析方法,以高山美利奴羊为研究对象,结合不同密度SNP微阵列数据,以GBLUP（Genomic Best Linear Unbiased Prediction）和Bayes-Alphabet模型为基础,研究不同因素对基因组育种值（Genomic Breeding value,GEBV）估计准确性的影响;采用全基因组关联分析对羊毛品质和高原低氧适应性相关的QTL进行精细定位以搜寻关键的区域信息和候选基因。研究结果如下:1.加性和显性遗传效应对基因组预测准确性的影响结合Affymetrix HD 630K微阵列分型数据,基于GBLUP模型,采用仅包含加性遗传效应的MAG模型（Model with Additive Effect GBLUP）和包含加性与显性遗传效应的MADG模型（Model with Additive and Dominance Effect GBLUP）对498只高山美利奴羊的共9种羊毛品质性状和高原低氧适应性相关的红细胞性状进行基因组预测,遗传方差组分估算结果显示,束纤维断裂伸长率、红细胞计数和红细胞压积三种性状的显性方差占总表型方差比例分别为73%、28%和25%,对其显性方差比例较高的性状,MAG模型获得的GEBV估计准确性更高;多重交叉验证的结果显示,两种模型的预测准确性,除毛丛长度（R2=0.25）和平均血红蛋白浓度（R2=0.12）之外,MAG模型均高于MADG。以上结果表明,MAG模型更适用于高山美利奴羊羊毛品质和红细胞性状的基因组预测。2.标记密度、统计模型和遗传力对基因组预测准确性的影响采用50K和630K两种不同密度的微阵列数据,基于GBLUP和Bayes-Alphabet模型对821只高山美利奴羊遗传力水平不同的6种羊毛品质性状进行基因组预测分析。遗传力估计结果显示,束纤维断裂伸长率和束纤维断裂强度的遗传力分别为0.29和0.35,为中等遗传力水平性状;毛丛长度、毛纤维直径、毛纤维直径变异系数和净毛率的遗传力分别为0.68、0.44、0.55和0.46,为高遗传力性状。标记密度由50K增加至630K后,束纤维断裂伸长率和束纤维断裂强度的预测准确性分别提高了11%（Bayes A）和13%（Bayesion LASSO）,净毛率和毛纤维直径变异系数仅提高了1%（Bayes B）,毛丛长度下降了6%（Bayesion LASSO）,表明增加标记密度可有效提高束纤维断裂伸长率等中等遗传力水平性状的GEBV估计准确性,但对毛丛长度等高遗传力水平性状影响微弱,甚至出现准确性下降的情况;GBLUP模型在中等遗传力水平性状的预测准确性均高于Bayes-Alphabet模型,Bayes B和Bayesion LASSO模型在高遗传力水平性状的准确性更高,表明GBLUP模型更适用于中等遗传力水平性状的基因组预测,Bayes B和Bayesion LASSO模型更适合高遗传力水平性状的基因组预测。3.羊毛品质和红细胞性状全基因组关联分析研究以498只高山美利奴羊组成的目标群体,利用单标记和单倍型,基于广义线性模型（Generalized Linear Models,GLM）对红细胞性状执行全基因组关联分析,通过基因定位和功能注释,筛选出DHCR24、EFNB2、SH2B3、PLCB1、SPATA9和FLI1六个基因作为影响群体高原低氧适应性的潜在候选基因,特别是PLCB1和FLI1,分别与红细胞生成、正常造血和携氧功能有密切关联;建立977只高山美利奴羊组成的目标群体,利用单标记,基于Farm CPU（Fixed and random model Circulating Probability Unification）模型对羊毛品质性状执行全基因组关联分析,筛选出PBX1、TRPC3、SLITRK5和PVRL1四个基因作为羊毛品质性状相关的潜在候选基因,特别是PBX1和SLITRK5,分别与毛囊间充质干细胞的衰老延迟与表皮的分化、表皮稳态有密切关联,上述结果可作为高山美利奴羊基因组预测研究中具有显着效应的潜在区域。本研究通过纳入加性与显性遗传效应对GBLUP模型进行了优化,发现束纤维断裂伸长率等显性方差占总表型方差比例较大的性状（大于25%）,MAG模型在GEBVs估计中具有更高的准确性,更适用于高山美利奴羊羊毛品质和红细胞性状的基因组预测。增加标记密度可有效提高束纤维断裂伸长率等中等遗传力水平性状的GEBVs估计准确性,但对毛丛长度等高遗传力水平性状影响甚微;通过两类模型的预测准确性比较,GBLUP模型更适合中等遗传力水平性状的基因组预测,Bayes B和Bayes LASSO模型更适合高遗传力水平性状的基因组预测。基于不同GWAS模型和标记类型,筛选出羊毛品质性状关联的4个候选基因（PBX1、TRPC3、SLITRK5和PVRL1）和高原低氧适应性关联的6个候选基因（DHCR24、EFNB2、SH2B3、PLCB1、SPATA9和FLI1）,特别是PLCB1和FLI1,分别与红细胞生成、正常造血和携氧功能有密切关联;PBX1和SLITRK5,分别与毛囊间充质干细胞的衰老延迟与表皮的分化、表皮稳态有密切关联。为高山美利奴羊的基因组选择提供适宜的GEBVs估计模型和具有重要效应的标记信息,并为高原家畜的功能基因挖掘提供有价值的参考。
夏立新[4]（2021）在《基于mRNA-miRNA分析的牛乳脂代谢功能基因筛选及KLF6基因功能验证》文中提出作为奶牛重要的经济性状,乳脂率是影响牛奶品质的重要因素之一,也是奶牛遗传育种研究领域的重要课题。随着全基因组关联分析等新育种方法的应用,奶牛分子育种发展非常迅速,但重要经济性状相关功能基因的筛选和功能基因的调控机制解析依然是奶牛遗传育种领域的热点和难点。本研究以乳腺上皮细胞为研究对象,采用RNA-seq和mi RNA-seq联合分析方法,筛选与乳品质相关的功能基因,同时对KLF6等基因对乳脂代谢的调控机制进行解析,其结果为优质奶牛改良提供候选基因,为了解乳腺上皮细胞中脂质代谢的调控机制及解析奶牛乳品质重要经济性状的调控机制提供理论依据。1牛乳脂代谢功能基因筛选与鉴定对高乳脂率（4.85%）和低乳脂率（3.41%）奶牛的原代乳腺上皮细胞进行RNA-seq,共筛选到829个差异表达基因。进一步地,将RNA-seq数据与试验室前期发表的mi RNA-seq数据进行联合分析,共鉴定到190个差异表达基因（包括159个上调的差异表达基因和31个下调的差异表达基因）和33个差异表达mi RNAs（包括11个上调的差异表达mi RNAs和22个下调的差异表达mi RNAs）。基于mi RNAs与基因之间的靶标关系,构建乳脂代谢相关m RNA-mi RNA调控网络。双荧光素酶报告试验和q PCR试验结果表明,mi R-148a与PDE4D基因、mi R-2382-5p与SOD3、NDRG2和KLF6基因、mi R-2425-5p与ADAMTS1基因之间存在靶标关系,证实靶标关系预测的准确性。对联合分析鉴定到的190个差异表达基因进行功能注释,选择富集在脂质代谢相关GO条目中的18个差异表达mi RNAs及其靶向调控的27个差异表达基因（p<0.05）,构建脂质代谢相关m RNA-mi RNA调控网络。其中,其中mi R-21-3p和mi R-148a能够促进牛乳腺上皮细胞中甘油三酯的合成,相反的,mi R-2382-5p和mi R-2425-5p能够降低牛乳腺上皮细胞中甘油三酯的含量。并且,mi R-2382-5p可以通过调节脂质代谢相关基因促进甘油三酯的分解。同时,对mi R-2382-5p的两个靶基因NDRG2和KLF6在细胞水平进行功能验证。结果表明NDRG2和KLF6基因的表达水平与牛乳腺上皮细胞中甘油三酯和胆固醇的含量呈正相关。2细胞水平解析KLF6基因对乳脂代谢的调控机制本研究利用CRISPR/Cas9技术构建牛乳腺上皮细胞KLF6基因敲除细胞系(KLF6-/-)。从KLF6-/-中提取DNA进行PCR,PCR产物测序结果显示,KLF6基因产生了DNA序列的大片段缺失,同时氨基酸编码序列发生移码变异;从KLF6-/-中提取RNA进行q PCR,结果表明KLF6基因的m RNA不表达。同时,KLF6-/-中甘油三酯和胆固醇含量显着降低（p<0.05）,单不饱和脂肪酸含量显着降低（p<0.05）,其中棕榈油酸、油酸和γ-亚麻酸等10种脂肪酸（p<0.05）在KLF6-/-中的含量显着低于野生型牛乳腺上皮细胞（WT）。RNA-seq数据共获得4936个上调的差异表达基因和4596个下调的差异表达基因,其中包括与脂质代谢密切相关的FASN、FABP3、VLDLR、NDRG2和PPARγ基因等。筛选脂质代谢相关的GO条目（p<0.05）,包括脂肪酸β氧化、脂肪细胞分化调节、棕色脂肪细胞分化调节、非常长链脂肪酸代谢过程和脂肪酸生物合成过程,构建脂质代谢相关GO条目与差异表达基因之间的调控网络。对差异表达基因进行KEGG通路富集分析,其中有47个差异表达基因显着富集在脂肪酸代谢通路、14个差异表达基因显着富集在脂肪酸生物合成通路和21个差异表达基因显着富集在脂肪酸延伸通路。分别对WT和KLF6-/-进行代谢组学分析,正离子模式鉴定到342个代谢物,负离子模式鉴定到294个代谢物。各类代谢物中数量占比最高的是脂质及脂质样分子（29.874%）,其次为有机酸和衍生物（24.843%）,说明在乳腺上皮细胞中,脂质代谢是十分重要的生物进程。对负离子模式下的差异代谢物进行分析,结果显示很多脂质及脂质样分子种类的代谢物含量存在显着差异（p<0.05）,包括1,2-二硬脂酰基-sn-甘油-3-磷酸-1-丝氨酸、1-棕榈酰基-2-亚油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱、1,2-二硬脂酰基-sn-甘油-3-磷酸-1-丝氨酸和1-硬脂酰基-2-油酰基-sn-甘油-3-磷酸-（1’-sn-甘油）。对差异代谢物进行KEGG富集分析,显着富集的通路包括氧化磷酸化、柠檬酸循环、甘油磷脂的新陈代谢、胰岛素信号通路和胰高血糖素信号通路（p<0.05）。3小鼠体内KLF6基因对乳脂代谢的调控机制研究利用CRISPR/Cas9技术构建KLF6基因乳腺组织特异性敲除小鼠模型。PCR产物测序结果显示,在纯合型小鼠中,KLF6基因上的lox P位点被Cre基因识别并成功发生DNA片段的剪切;q PCR和Western Blot试验结果显示纯合型小鼠乳腺组织中KLF6基因m RNA和蛋白不表达,即KLF6基因乳腺组织特异性敲除小鼠模型构建成功。此外,对小鼠进行组织形态学观察,发现小鼠各器官（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉和脂肪）形态正常,说明KLF6基因在乳腺组织的敲除并不会引起小鼠的疾病发生。使用ELISA试剂盒检测乳汁中甘油三酯的含量,结果显示纯合型小鼠乳汁中甘油三酯含量显着低于杂合型小鼠和野生型小鼠（p<0.05）。乳腺组织的形态学分析表明,纯合型小鼠的乳腺组织中脂肪细胞的直径小于野生型小鼠,且纯合型小鼠乳腺组织中甘油三酯和胆固醇含量显着减少（p<0.05）。此外,在纯合型小鼠的乳腺组织中,调控脂解作用的相关基因（ATGL、PKA、HSL和FABP4基因）的表达水平显着上调。综上所述,本研究通过m RNA-mi RNA分析精准筛选到KLF6基因等乳脂代谢候选调控因子。在乳腺上皮细胞中,KLF6基因通过调控乳脂代谢相关基因,参与到脂肪酸合成与代谢相关通路,影响细胞中脂质及脂质样分子种类的代谢物含量,进而作用于甘油三酯、胆固醇和脂肪酸等乳脂代谢指标。在小鼠乳腺组织中,KLF6基因能够作用于脂肪细胞脂解作用的调控通路,引起乳腺组织中脂肪细胞的形态学变化以及甘油三酯和胆固醇含量变化,进而影响乳脂率。本试验从细胞水平和试验动物水平解析KLF6基因对脂质代谢的调控机制,为优质奶牛改良提供候选基因,为进一步研究奶牛的乳脂代谢调控机制提供理论依据。
孙伟[5]（2021）在《奶牛种公牛培育及性别控制冷冻精液生产效率影响因素的研究》文中指出本研究针对我国奶牛养殖产业对优质种公牛培育和良种母牛快速扩繁的迫切需求,创新集成了奶牛育种关键技术体系、研制性别控制冷冻精液生产新技术与新产品,为解决高产奶牛扩繁速度慢的技术瓶颈问题,加快奶牛群体遗传改良进程提供了技术支撑。奶牛育种关键技术体系包括种用胚胎生产与胚胎移植（Embryo Transfer,ET）、青年公牛全基因组检测与遗传评估、生长发育、生产性能测定（Dairy Herd Improvement,DHI）及精液受精与受胎能力相关性分析。奶牛性控冷冻精液生产新技术主要围绕生产效率提升、产品质量改善与人工授精（Artificial Insemination,AI）关键技术开发。具体研究内容及结果如下:1、创新集成了高效的奶牛种用胚胎生产与ET关键技术流程,使每头供体牛平均生产体内胚胎6.6枚,比行业平均水平（5枚）高32.0%;冷冻胚胎移植受胎率为45.0-58.6%、产犊率为38.4-55.8%,均高于行业平均水平。2、利用全基因组检测结合奶牛DHI技术,集成了种公牛遗传-生产性能对比育种评价体系。不同月龄青年公牛生长发育关键指标,与行业标准相比,体重和睾丸周径均高于行业标准平均水平,并筛选出遗传品质优秀的种公牛154头,其中育种综合指数GTPI（General Total Performance Index）≥2600指数的种公牛35头、占比22.7%;AI配种的种母牛一、二和三胎次305天产奶量与商品母牛相比分别提升了823.0 kg、1374.5 kg和976.7 kg,表明全基因组检测遗传评估与生产性能实际表型值的显着关联性。3、体外受精（In vitro fertilization,IVF）与AI受胎率对比分析显示,同一头种公牛精液的IVF受精率与AI受胎率高度关联,证明IVF可作为新的繁殖性状评价指标纳入奶牛种公牛育种评价体系,据此把种公牛受精能力分为三个等级,分别是正常受精率（Normal fertility bulls:45-60%）、较高受精率（Higher fertility bulls:61-80%）、高受精率（Highest fertility bulls:>80%）。4、探究异种动物的精子（山羊、绵羊和鹿）对于奶牛X精子的受精推流效果表明,选择山羊精液受精推流最佳,在此基础上开发了奶牛性控冻精生产新技术,使奶牛性控冻精生产效率提升2倍以上、生产成本降低70%,并确定新产品的标准为:100万分离X精子混合100万山羊精子,该产品可以保持平均56.2%的AI情期受胎率和94.6%的性控准确率。5、添加抗氧化剂VE、SOD、CAT可以明显提升奶牛分离X精子的活力,特别是奶牛性控冻精的体外存活时间由原来的4-6 h延长到8-10 h,该产品的AI受胎率总体提升了5-10%,为奶牛性控冻精产业化推广应用提供了技术支撑。
袁子坤[6]（2021）在《转NRAMP1基因克隆牛的分子鉴定与抗结核功能检测》文中认为牛结核病是一种人兽共患传染病,其主要病原为牛分支杆菌（Mycobacterium bovis,M.bovis）。由于缺乏高效疫苗,牛结核病在没有足够资金支持的发展中国家仍未得到有效防控。天然抗性相关性巨噬细胞蛋白1（Natural resistance-associated macrophage protein 1,NRAMP1）基因对巨噬细胞激活通路具有多效性作用,并可抑制多种胞内寄生菌的感染,其表达水平影响着机体对于M.bovis的抵抗力。因此,通过转基因的方法提高牛体内NRAMP1基因的表达量将为牛结核病的防控提供一种新途径。实验室首次利用规则成簇间隔短回文重复序列相关蛋白9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats and CPISPR-associated protein 9,CRISPR/Cas9）基因编辑系统结合体细胞核移植（somatic cell nuclear transfer,SCNT）技术培育出NRAMP1基因定点整合在ROSA26基因座的克隆牛。本研究以所生产的3头转NRAMP1基因克隆牛为试验材料,对其进行分子鉴定及抗结核功能检测,以证明转NRAMP1基因克隆牛可用于进一步的转基因生物安全评价及良种扩繁。本研究主要内容如下:1.NRAMP1转基因牛精准打靶检测。采集转基因荷斯坦犊牛的耳组织,通过组织块贴壁法分离培养出小牛成纤维细胞;提取小牛成纤维细胞基因组后,通过Junction PCR和Sanger测序检测出3头转NRAMP1基因克隆牛在ROSA26基因座上进行了精准插入,之后通过Southern Blot实验进一步验证了NRAMP1基因的定点整合,且在转基因克隆牛中为杂合单拷贝插入;使用Cas-OFFinder软件预测潜在脱靶位点,并对其中脱靶风险最高的8个潜在脱靶位点进行检测,结果显示在所有分析的潜在脱靶位点均未出现任何典型的插入缺失和位点突变。2.NRAMP1转基因牛抗结核功能检测。利用实时荧光定量PCR对ROSA26基因座邻近基因（SETD5、THUMPD3和LHFPL4）的表达水平进行检测,结果表明转基因牛基因组中外源插入的NRAMP1基因不影响相邻基因转录;通过Western blot对分离的转基因牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮肤和肌肉组织进行检测,发现NRAMP1基因只在富含巨噬细胞的脾脏中有明显的表达,表明插入基因的表达具有组织特异性;通过Western blot对分离的牛外周血巨噬细胞进行检测,发现攻菌后转基因牛巨噬细胞中NRAMP1基因的表达明显增强且表达量高于野生型牛;对牛外周血巨噬细胞攻菌后进行CFU分析,结果表明NRAMP1转基因克隆牛可以抑制M.bovis在巨噬细胞中的增殖,并且表现出比野生型荷斯坦奶牛更强的抗结核能力。综上所述,本研究证明了转基因克隆牛中NRAMP1基因在ROSA26基因座的精准插入,且转基因克隆牛巨噬细胞具有更强的抗结核感染能力,为抗结核病转基因牛的生物安全评价及良种扩繁提供了重要的研究基础。
耿慧君[7]（2020）在《金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究》文中研究说明奶牛乳腺炎是奶牛养殖业中危害最大、最常见的疾病。金黄色葡萄球菌（金葡菌）是其最重要的一种致病菌,据报道,超过25%的临床型奶牛乳腺炎由金葡菌引起。而抗生素的大量使用,会导致细菌耐药性和超级细菌的产生,对生态环境的平衡也会造成极大危害。噬菌体是一种结构简单、广泛存在、高效安全的生物抗菌剂,具有高特异性、高裂解子代数及高环境丰度等优点。迄今为止,关于噬菌体治疗金葡菌性乳腺炎的研究较多,但对于其实际应用的生物安全性机制,以及对肠道微生态的副作用等尚未见报道。本研究将噬菌体全基因组测序与小鼠转录组分析相结合,评估了噬菌体作用于金葡菌性乳腺炎的安全性;将肠道菌群微生态与炎性因子分析相结合,探讨了噬菌体有效抑制金葡菌性乳腺炎的作用机制。旨在为噬菌体疗法在该领域的应用提供理论基础与实践依据。具体研究内容和结果如下:（1）筛选得到一株高致病性、多重耐药的金葡菌,以其为宿主菌分离获得两株裂解性能良好、广谱性的噬菌体,并检测了相关理化性质与生物学特性。从55份患有临床型乳腺炎的病牛奶样中分离得到34株病原菌,其中金葡菌6株（17.65%）。因金葡菌Sau-XJ-21呈现最多的抗生素耐药性与较高的致病性（半数致死量LD50为1.26×106 CFU/mL）,则以其为宿主菌,筛选获得两株裂解性噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2。利用双层平板法、CsCl密度梯度离心法、透射电子显微镜（TEM）、点板法（spot-test）、一步生长曲线构建、pH值及温度稳定性检测和体外抑菌实验等,检测了噬菌体的形态特征、宿主谱、理化性质及对病原菌的体外抑制作用,结果表明,两株噬菌体均隶属于有尾目噬菌体,亥瑞勒噬菌体科;具有广谱性,能够裂解不同来源（牛源、人源）不同区域（新疆、浙江和大连）的金葡菌;单一噬菌体及噬菌体cocktail（体积1:1）均能有效抑制金葡菌Sau-XJ-21生长。（2）对两株噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2进行全基因组测序与注释,阐明二者均不含毒力基因、溶源基因及毒力转座子等,不存在基因水平转移风险,具有应用安全性。利用Illumina Genome Analyzer测序技术对两株噬菌体进行全基因组测序;选择GeneMarkS、CGView、tRNAscan-SE、Cluster X 和 MEGA 7.0 等生物信息学软件和程序,对两株噬菌体进行全基因组分析、功能基因注释、tRNA形态结构预测与分类学地位分析;运用 ExPASy、TCDB、PortScale、Signal 5.0、Phyre2和Swiss-Model等生物信息学程序,对噬菌体裂解酶Lys-vBSM-A1进行一级结构分析、理化性质鉴定、功能区域预测（疏水性、跨膜区域和信号肽）、二级结构预测与结构域3-D模型构建,结果显示噬菌体vBSM-A1和噬菌体vBSP-A2均为双链线性DNA,vBSM-A1/vBSP-A2基因组全长140,654/136,528 bp,GC含量为30.33%/30.45%,预测出70/77个具有实际功能的基因和4/3个tRNA编码基因;两株噬菌体Genebank ID分别为MK584893和MK656892;二者均含有同一个序列保守的裂解酶基因Lys-vBSM-A1,其大小为267aa,其表达蛋白含两个典型的活性域,位于N端的c4olkB结构域和位于C端的c4olsA结构域。（3）评估了噬菌体混合制剂对金葡菌性小鼠乳腺炎的治疗作用;阐明了其对小鼠肠道微生态的调节与改善;考察了噬菌体经小鼠乳腺灌注的安全性影响,分析了小鼠转录组表达变化与潜在作用机制。利用金葡菌Sau-XJ-21成功构建了小鼠乳腺炎模型,评估并确定3×104 CFU/25 μL为最佳攻菌浓度。探究了噬菌体cocktail对金葡菌性小鼠乳腺炎的治疗,使用Beckman Coulter DxH8000血液分析仪、点板法（spot-test）、ELISA酶联免疫吸附测定、H&E组织切片染色等仪器与方法,检测了各实验组小鼠的血液样本参数、CFU和PFU负荷、炎症因子TNF-α和IL-1β指标与小鼠乳腺组织病理学形态,结果显示噬菌体cocktail在小鼠乳腺内能有效减轻金葡菌Sau-XJ-21造成的炎症症状;小鼠肠道菌群分析结果显示,头孢噻呋钠会破坏小鼠肠道内原有的优势菌株,降低菌群丰度;而噬菌体混合制剂治疗组,能够有效改善乳腺炎导致的肠道菌群紊乱,调节肠道微生态平衡。运用Illumina HiSeq测序技术进行小鼠转录组测序,对差异表达基因GO分类与KEGG富集分析,发现相较于PBS对照组,噬菌体灌注组在一些与炎症相关的基因（如细胞凋亡、细胞聚集及抗氧化活性等）表达中,存在较明显的差异表达;同时在与炎症因子相关的一些通路（如TNF信号通路以及NF-κB信号通路等）中显示出显着富集,提示了噬菌体在小鼠体内会引发一些相关的免疫反应和炎症应答。综合小鼠形态学观察、乳腺组织病理学切片分析、炎症因子TNF-α检测,以及噬菌体负荷检测等结果,揭示了噬菌体灌注形成的炎症特征轻微,对小鼠正常生命体征无碍。综上,本论文以致病性金葡菌为目标菌株,分离获得两株裂解性噬菌体;研究了施用噬菌体混合制剂治疗小鼠金葡菌性乳腺炎的有效性;揭示了该噬菌体混合制剂在调节小鼠肠道菌群丰度、改善肠道微生态平衡中,相较于抗生素的优越性;从全基因组、转录组、炎症因子、小鼠表观状态及乳腺噬菌体负荷等角度,初步阐明了噬菌体混合制剂的应用安全性。因此,该噬菌体混合制剂是一种能够在体外和体内均有效抑制金葡菌生长的生物安全制剂,具有较高的应用前景和可行性。
王玲[8]（2020）在《奶牛乳房炎中热带念珠菌的基因框架图测序分析以及致病性和耐药性的研究》文中认为奶牛乳房炎是目前全球奶牛养殖业的重要疾病之一。在奶牛乳房炎的众多致病因素中,微生物感染仍是最主要的发病因。除了常见的革兰氏阳性细菌感染外,真菌感染呈逐日上升趋势。热带念珠菌是一种条件性致病真菌,在人类疾病中研究较多,但对奶牛乳房炎热带念珠菌的研究还鲜有报道。因此本论文对广西地区某奶牛场患奶牛乳房炎的病牛进行真菌分离鉴定,分离得到的热带念珠菌,然后进行基因组框架图测序,对测序结果进行基因组功能分析以及比较基因组分析,并结合致病性试验和药敏试验,对耐药基因和致病性进行分析。结果如下:1、热带念珠菌基因组框架图测序通过对分离得到的热带念珠菌进行测序,得到一条全长14.27Mb的基因组,对该基因序列注释,得到编码基因8164个,非编码RNA200条,总长18290bp,其中t RNA 166条,sn RNA 33条,mi RNA 1条。平均GC含量为32.97%。重复序列3241个,其中长末端重复序列1255个,DNA转座子1262个,长散在重复序列612个,短散在重复序列38个,RC有51个。将测序结果与数据库比对,基因功能注释结果显示,在NR数据库注释结果中,与热带念珠菌相关基因最多有4068个;GO数据库注释到3921个基因,参与到生物过程、细胞成分和分子功能中。CAZy注释得到碳水化合物酶125个;KEGG数据库注释到4673个基因,分为六大功能途径,代谢相关通路11条,其中参与抗药性途径的基因有36个;KOG数据库注释到2276个基因,涉及25种功能。另外,预测到分泌蛋白197个;细胞色素P450蛋白14个,9个属于热带念珠菌。与PHI数据库比对,发现基因cyp51发生耐化学性突变,基因VTC4发生毒力增强突变。2、热带念珠菌的比较基因组学分析将本试验分离得到的热带念珠菌菌株与NCBI基因库中已知参考序列进行全基因组共线性比对分析,结果发现样本菌株与参考菌株之间存在大量的易位区域,说明两个基因组存在一定的结构差异。SNP和In Del分析,两个基因组之间存在SNP位点30683个,位于基因编码区的In Del突变有6644个,其中小片段的插入有3166个,缺失有3478个。与参考菌株对比,样本菌株特有基因有2576个。热带念珠菌耐药相关基因CDR1、CDR2、CDR3、CDR4和ABC蛋白家族的编码基因区域都有SNP非同义突变和In Del非同义突变,这些非同义突变可以改变氨基酸的种类,可能对耐药蛋白表达量产生影响。3、热带念珠菌的致病性和药敏试验通过对小鼠腹腔注射热带念珠菌悬菌液来进行致病性试验,结果显示热带念珠菌能够对小鼠的内脏器官造成损伤,导致小鼠腹腔内出现不同程度的青色,内脏器官表面有白色坏死灶,肺脏出血,脾脏和胸腺在肿大。病理切片观察,肝细胞内有明显的空泡变性,细胞之间界限模糊,肝窦狭窄;肺泡隔增厚,肺小静脉和肺泡隔毛细血管扩张,并充满大量红细胞;胸腺的髓质和皮质界限模糊,并且有大量红细胞。肾小管结构紊乱,毛细血管弥散性充血。通过药敏纸片扩散法和常量药物梯度检测样本菌株对药物的敏感性。药敏纸片扩散法结果显示,样本菌株对制霉菌素、酮康唑高度敏感,对两性霉素B中度敏感,对伊曲康唑、庆大霉素、青霉素以及环丙沙星不敏感。而样本菌株对酮康唑的梯度变化很敏感,对氟康唑、伊曲康唑和两性霉素B的浓度梯度变化不敏感。结论:广西地区奶牛存在热带念珠菌感染的情况,且分离菌株具有致病性,对伊曲康唑和氟康唑耐药。经过功能注释与参考基因组比对,本试验分离出的热带念珠菌的耐药基因存在突变,且有进化的可能。
陈秋明[9]（2020）在《云岭牛和婆罗门牛性情性状的GWAS研究》文中认为家牛性情是指人为操作和环境适应所引起的一系列复杂反应的总称。由于与生产效率、劳动安全和动物福利相关,因此,家牛性情是最令人感兴趣的性状之一。家牛性情性状的特点是难以度量,因此,其背后潜在的遗传机制研究还处于起步阶段。与相对温顺的普通牛而言,婆罗门牛是性情较暴躁的瘤牛品种之一。云岭牛是一个典型的三元杂交品种,包含1/2婆罗门牛、1/4莫累灰牛和1/4云南本地牛血统。本研究以婆罗门牛和云岭牛为对象,测试了211头牛的逃离距离、361头牛的挤压得分和逃离速度、157头牛的5项神经递质浓度、234头牛的15个旷场性状和14个新物体性状,测试的个体之间存在较大的交集。更重要的是,本研究还对其中测试的31头婆罗门牛和131头云岭牛进行了全基因组测序。通过对上述表型性状的全基因组关联（GWAS）分析,取得如下新的结果:1.通过比较云岭牛基因组和云岭牛祖先基因组,发现云岭牛含有44%的欧洲普通牛、48%的印度瘤牛和8%的中国瘤牛血统,表明云岭牛是研究诸如性情一类复杂性状遗传基础的理想群体。利用局部祖先分析技术发现,在云岭牛基因组中,部分欧洲普通牛源、印度瘤牛源和中国瘤牛源的单倍型比例显着高于全基因组水平,证实云岭牛充分利用了这3个家牛血统的优点,具有生长快、免疫力强和适应性广的特点。2.通过对黄牛逃离反应性状（逃离距离、挤压得分和逃离速度）的表型分析,发现逃离反应性状和黄牛体尺性状之间呈负相关,且云岭牛的逃离反应性状显着高于婆罗门牛;对黄牛逃离反应性状进行GWAS分析,发现9个关联的基因座位,涉及8个基因,包括5个与认知相关的基因（LOC789753、LRP6、CTIF、SLC9A9和ZEB1）、1个与突触粘附相关的基因（CDH8）和1个GABA受体基因（GABRG2）。3.通过对黄牛神经递质浓度的表型分析,发现促肾上腺皮质激素与黄牛体重、管围和腰角宽之间呈显着正相关。通过对黄牛神经递质浓度进行GWAS分析,发现20个关联的基因座位,涉及18个基因,包括与多巴胺合成相关的PCCA、与多巴胺转运相关的SLC18A2、与谷氨酸释放相关的MCHR1、与谷氨酸转运相关的SLC6A9及与促肾上腺皮质激素释放相关的HTR1F。4.通过对黄牛旷场测试和新物体测试性状的表型分析,发现云岭牛的5个旷场测试性状和2个新物体测试性状显着低于婆罗门牛,且旷场测试和新物体测试性状与黄牛体尺性状之间主要呈负相关。通过主成分分析,发现第一主成分（PC1）可以解释旷场测试数据中50%的变异和新物体测试数据中51%的变异。通过对旷场测试和新物体测试性状进行GWAS分析,分别发现37个和29个显着的基因座位。基因富集分析发现候选基因涉及神经激活配体-受体互作通路,且在黄牛脑组织显着富集。黄牛旷场测试和新物体测试第一主成分最显着的信号分别位于SORCS3（神经元受体）和SESTD1（突触蛋白）基因座位。本研究首次利用全基因组SNP对黄牛性情性状进行GWAS分析。本研究发现的黄牛性情性状相关SNP,为下一步黄牛性情性状的标记辅助选择提供了靶标。本研究发现的与黄牛性情性状基因座位相关的KEGG通路和特异表达组织,为精确研究黄牛性情性状的遗传机制提供了新的思路。本研究发现的一些重要性情候选基因,为将来研究动物性情性状的致因突变奠定了基础。
白佳琛[10]（2020）在《中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证》文中提出奶牛酮病是中国荷斯坦奶牛种群中发病率较高、多基因控制的代谢性疾病,不仅对奶牛的身体状况造成损坏,而且会对养殖业造成一定的经济损失。由于酮病为多基因调控的低遗传力性状,本研究采用Fimpute和Beagle软件两步基因型填充法,以190头中国荷斯坦奶牛的150K基因芯片分析为参考,对NAGRP数据库中的2488头中国荷斯坦奶牛的50K基因芯片进行基因型填充。1.以奶牛患酮病或健康二元性状为表型,利用GEMMA软件的一般线性模型,对基因型填充后2678头牛的96217个标记进行了全基因组关联分析,共扫描到25个与酮病相关的显着性位点,并在这些位点周围筛选出可能与酮病相关的候选基因,包含ALDH1L2、ACAD10、AK3等基因。另外以奶牛血液中β-羟丁酸含量作为表型,采用Plink软件的多元回归模型对190头牛的120041个标记进行全基因组关联分析,共筛选到191个显着性位点,定位到了13个与酮病相关的候选基因,包括ACADM、PECR、FN1等基因。2.为了筛选出人工选择过程中酮病抗性高的奶牛相对于酮病抗性低的奶牛的正向选择信号区域与位点,本研究以患酮病牛群组作为参考组,健康牛群组作为实验组,采用适用于疾病-对照正向选择信号分析的三种方法:Fst、XPEHH、XPCLR进行正向选择信号分析,以选择信号top 1%作为阈值。Fst方法共筛选到122个正向选择信号位点;XPEHH法共检测到870个正向选择显着性位点;XPCLR方法筛选到1253个正向选择信号区域,三种方法共定位到了与酮病相关的候选基因81个。GO和KEGG功能富集分析表明这些基因主要集中在糖代谢,脂肪酸代谢以及柠檬酸代谢等代谢通路上。其中至少有两种方法扫描到的候选基因包括ACAA2、ACADS、ACSL3、ACSL6、APOA1、HMGCL、IDH3A、PC、PCK1基因。3.对本研究筛选到和酮病相关的候选基因APOA1,以及文献报道的候选基因CPT1A基因进行功能验证,通过测序和相关性分析鉴定出APOA1基因启动子区域内SNP（g.-572 A>G）和CPT1A基因启动子区域内SNP（g.-108 G>T）与酮病显着相关（P<0.05）。qRT-PCR实验表明APOA1基因和CPT1A基因在患酮病牛中的表达量高于健康牛中表达量（P<0.05）。双重荧光素酶报告实验表明,位于APOA1基因核心启动子区域内的突变型（GG）个体的启动子活性明显高于野生型（AA）个体的启动子活性（P<0.05）。位于CPT1A基因核心启动子区域内的突变型（TT）个体的启动子活性明显高于野生型（GG）个体的启动子活性（P<0.05）。不同基因型个体的APOA1基因和CPT1A基因启动子活性的差异导致基因表达水平的不同,进而影响酮病的发生。最终试验结论为APOA1基因上SNP（g.-572 A>G）和CPT1A基因上SNP（g.-108G>T）可作为奶牛酮病抗性的遗传标记。
二、奶牛基因组分析研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、奶牛基因组分析研究进展（论文提纲范文）
（1）GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 奶牛遗传评估研究进展 |
| 1.1.1 奶牛的表型性状 |
| 1.1.2 选育方法和遗传评估模型 |
| 1.1.3 综合选择指数和多国联合评估 |
| 1.2 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.2.1 基因分型技术 |
| 1.2.2 基于SNPs的GWAS分析策略 |
| 1.2.3 常用的GWAS分析方法 |
| 1.3 基因组拷贝数变异研究进展 |
| 1.3.1 拷贝数变异定义 |
| 1.3.2 拷贝数变异对基因功能的影响 |
| 1.3.3 拷贝数变异的检测方法 |
| 1.3.4 人类复杂疾病拷贝数变异 |
| 1.3.5 牛基因组拷贝数变异 |
| 1.4 基因组杂合性缺失研究进展 |
| 1.4.1 杂合性缺失定义 |
| 1.4.2 杂合性缺失的研究意义 |
| 1.4.3 牛基因组ROH的研究进展 |
| 1.5 研究的目的与意义 |
| 第二章 荷斯坦奶牛产奶性状和SCS遗传评估 |
| 引言 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 表型记录 |
| 2.1.2 数据处理 |
| 2.1.3 固定效应方差分析 |
| 2.1.4 遗传评估模型 |
| 2.1.5 方差组分和遗传力估计 |
| 2.1.6 个体育种值估计 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 产奶性状和SCS描述性统计量 |
| 2.2.2 非遗传因素分析 |
| 2.2.3 各性状遗传参数估计 |
| 2.2.4 表型值和育种值分布及其相关性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 各性状表型值分析 |
| 2.3.2 泌乳曲线及表型相关 |
| 2.3.3 各性状遗传参数估计 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 荷斯坦奶牛产奶性状和SCS全基因组关联分析 |
| 引言 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 表型数据 |
| 3.1.2 基因型数据 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 基因型数据质控 |
| 3.2.2 主成分分析 |
| 3.2.3 关联分析 |
| 3.2.4 候选基因功能注释及通路分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 SNPs标记信息 |
| 3.3.2 群体结构 |
| 3.3.3 GWAS分析结果 |
| 3.3.4 多效性基因组窗口的筛选 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 群体结构 |
| 3.4.2 产奶性状GWAS分析结果 |
| 3.4.3 多效性QTLs的筛选 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 荷斯坦奶牛基因组拷贝数变异分析 |
| 引言 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 试验群体和表型数据 |
| 4.1.2 基因型和信号强度文件 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 SNPs数质量控制 |
| 4.2.2 推断拷贝数变异 |
| 4.2.3 比较CNV,构建基因组CNVRs及可视化 |
| 4.2.4 基于CNVRs的关联分析 |
| 4.2.5 CNV区域基因功能注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 SNPs和CNVs数据质控 |
| 4.3.2 ARS-UCD1.2和UMD3.1基因组版本中的拷贝数变异 |
| 4.3.3 ARS-UCD1.2和UMD3.1基因组版本中的拷贝数变异区域 |
| 4.3.4 产奶性状与CNVRs的关联分析 |
| 4.3.5 显着CNV区域重叠的QTLs |
| 4.3.6 显着CNV区域的基因功能注释 |
| 4.3.7 CNV区域重要基因的发现 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 SNPs标记信息 |
| 4.4.2 CNVs和CNVRs结果比较 |
| 4.4.3 CNVRs与产奶性状的关联分析 |
| 4.4.4 显着基因的功能注释 |
| 4.4.5 高频CNVR区域的重要基因 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 荷斯坦奶牛基因组杂合性缺失研究 |
| 引言 |
| 5.1 研究方法 |
| 5.1.1 试验样本 |
| 5.1.2 检测ROH |
| 5.1.3 计算基因组近交系数(FROH) |
| 5.1.4 ROH区域统计分析及可视化 |
| 5.1.5 基因功能注释 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 常染色体上的SNP密度分布情况 |
| 5.2.2 ROH分布和近交系数 |
| 5.2.3 ROH总长占各染色体的比例 |
| 5.2.4 各牧场试验牛群基于ROH的近交程度 |
| 5.2.5 各长度分组下ROH的统计量 |
| 5.2.6 ROH窗口在各染色体上的频率分布 |
| 5.2.7 ROH可视化结果 |
| 5.2.8 高频ROH区域上基因的功能注释 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 检测和统计ROH |
| 5.3.2 基于ROH的近交系数 |
| 5.3.3 可视化ROH区域及精细定位 |
| 5.3.4 高频ROH区域的基因功能注释 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 第七章 展望 |
| 7.1 论文不足之处 |
| 7.2 下一步计划 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）奶源金黄色葡萄球菌的流行特点及其噬菌体药效动力学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1 奶牛乳房炎的概况 |
| 2 金黄色葡萄球菌的研究进展 |
| 2.1 金黄色葡萄球菌的生物学特性及流行性危害 |
| 2.2 金黄色葡萄球菌的肠毒素 |
| 2.3 金黄色葡萄球菌的抗药性 |
| 2.4 金黄色葡萄球菌分子分型 |
| 2.5 宏基因组测序技术 |
| 3 金黄色葡萄球菌噬菌体研究进展 |
| 3.1 噬菌体概述 |
| 3.2 噬菌体的作用机制 |
| 3.3 金黄色葡萄球菌噬菌体的应用 |
| 3.4 噬菌体疗法的优势与局限性 |
| 4 噬菌体的药理学探究 |
| 4.1 噬菌体药理学 |
| 4.2 噬菌体的药效动力学 |
| 4.3 噬菌体的药代动力学 |
| 4.4 噬菌体与抗生素的联合应用进展 |
| 5 研究的目的及意义 |
| 第二章 山东地区生鲜牛乳菌群的宏基因组测序分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样品收集 |
| 2.2.2 宏基因组测序 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 生鲜牛乳中样品的测序结果及多样性指数 |
| 2.3.2 生鲜牛乳样品的稀释曲线分析 |
| 2.3.3 生鲜牛乳中微生物OTU分布 |
| 2.3.4 生鲜牛乳中微生物群落的多样性分析 |
| 2.3.5 生鲜牛乳中OTU数及系统发育分析 |
| 2.3.6 生鲜牛乳中微生物Beta多样性分析 |
| 2.3.7 生鲜牛乳中微生物组间显着性差异分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 金黄色葡萄球菌的流行病学监测 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 实验结果与分析 |
| 3.2.1 金黄色葡萄球菌的分离鉴定结果 |
| 3.2.2 金黄色葡萄球菌药敏实验结果 |
| 3.2.3 金黄色葡萄球菌MRSA检测结果 |
| 3.2.4 金黄色葡萄球菌肠毒素基因检测结果 |
| 3.2.5 金黄色葡萄球菌SCCmec分型结果 |
| 3.2.6 金黄色葡萄球菌MLST分型结果 |
| 3.2.7 金黄色葡萄球菌spa分型结果 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 金黄色葡萄球菌噬菌体的分离鉴定及生物学特性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 实验结果与分析 |
| 4.2.1 金黄色葡萄球菌噬菌体的分离纯化结果 |
| 4.2.2 金黄色葡萄球菌噬菌体裂解谱结果 |
| 4.2.3 金黄色葡萄球菌噬菌体效价的测定 |
| 4.2.4 金黄色葡萄球菌噬菌体电镜观察 |
| 4.2.5 金黄色葡萄球菌噬菌体最适生长温度的测定结果 |
| 4.2.6 金黄色葡萄球菌噬菌体热稳定性测定结果 |
| 4.2.7 金黄色葡萄球菌噬菌体最适p H值的测定结果 |
| 4.2.8 金黄色葡萄球菌噬菌体最佳感染复数(OMOI)的测定结果 |
| 4.2.9 金黄色葡萄球菌噬菌体一步生长曲线 |
| 4.2.10 金黄色葡萄球菌噬菌体基因组分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 噬菌体与宿主菌的药效动力学研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 实验结果与分析 |
| 5.2.1 噬菌体处理后金黄色葡萄球菌的抗药性变化结果 |
| 5.2.2 噬菌体的杀菌动力学结果 |
| 5.2.3 恩诺沙星与金黄色葡萄球菌噬菌体协同作用的研究结果 |
| 5.3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 缩略词说明 |
| 致谢 |
| 硕士研究生期间发表文章 |
（3）高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 英文缩略表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 畜禽遗传评估的方法与研究进展 |
| 1.2 全基因组关联分析 |
| 1.3 基因分型的方法 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 加性和显性遗传效应对羊毛品质和红细胞性状GEBV估计准确性的影响研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 统计模型、标记密度和遗传力对羊毛品质GEBV估计准确性的影响研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 羊毛品质和红细胞性状的全基因组关联分析研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 后续研究内容 |
| 参考文献 |
| 附表与附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（4）基于mRNA-miRNA分析的牛乳脂代谢功能基因筛选及KLF6基因功能验证（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩写表 |
| 引言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 KLF6 基因研究进展 |
| 1.1 KLF家族研究进展 |
| 1.2 KLF6 基因概述 |
| 1.3 KLF6 基因对动物脂质代谢的影响 |
| 第二章 转录组测序技术研究进展 |
| 2.1 转录组测序概述 |
| 2.2 转录组测序在动物脂质代谢研究中的应用 |
| 2.3 多组学联合分析方法在动物脂质代谢研究中的应用 |
| 第三章 代谢组学研究进展 |
| 3.1 代谢组学概述 |
| 3.2 代谢组学在动物脂质代谢的研究进展 |
| 第四章 基因编辑技术研究进展 |
| 4.1 基因编辑技术概况 |
| 4.2 CRISPR/Cas9 技术在动物脂质代谢研究中的应用 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 基于m RNA-mi RNA联合分析的牛乳脂代谢功能基因筛选与鉴定 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 KLF6 基因敲除细胞系构建及其对乳脂代谢的调控机制研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 KLF6 基因乳腺组织特异性敲除小鼠模型建立及其对乳脂代谢的调控作用 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介及在学期间所获得的科研成果 |
| 致谢 |
（5）奶牛种公牛培育及性别控制冷冻精液生产效率影响因素的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 奶牛繁育技术研究进展 |
| 1.1.1 人工输精技术 |
| 1.1.2 MOET育种技术 |
| 1.1.2.1 胚胎移植国内外应用情况 |
| 1.1.2.2 胚胎移植技术存在的问题及解决方法 |
| 1.1.2.3 胚胎移植技术前景 |
| 1.1.3 活体采卵-体外受精技术 |
| 1.1.3.1 体外受精技术的应用情况 |
| 1.1.3.2 体外受精技术存在的问题 |
| 1.1.3.3 体外受精技术的发展前景 |
| 1.1.4 奶牛生产性能测定 |
| 1.2 奶牛分子育种技术研究进展 |
| 1.2.1 分子辅助标记 |
| 1.2.2 全基因组选择 |
| 1.2.2.1 全基因组关联研究 |
| 1.2.2.2 全基因组选择技术 |
| 1.2.2.3 基因组选择的应用 |
| 1.2.3 动物体细胞克隆技术 |
| 1.2.3.1 动物克隆操作技术 |
| 1.2.3.2 动物克隆研究的生物学意义 |
| 1.2.3.3 动物克隆技术的应用前景及存在的问题 |
| 参考文献 |
| 第二章 影响种公牛培育的种用胚胎质量及受胎率相关因素研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 供体母牛选择 |
| 2.2.2 实验材料 |
| 2.2.2.1 仪器与设备 |
| 2.2.2.2 主要试剂耗材 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.3.1 试剂配制 |
| 2.2.3.2 超数排卵处理 |
| 2.2.3.3 供体牛人工授精 |
| 2.2.3.4 牛胚胎采集和鉴定 |
| 2.2.3.5 牛胚胎冷冻保存 |
| 2.2.3.6 牛体外胚胎生产 |
| 2.2.3.7 牛胚胎解冻和移植 |
| 2.2.3.8 妊娠检查 |
| 2.2.4 实验数据处理 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 影响奶牛种用胚胎生产因素的研究 |
| 2.3.1.1 奶牛不同性别X/Y冷冻精子体内胚胎生产效率的比较 |
| 2.3.1.2 添加与未添加抗氧化剂性控冻精对体外性控胚胎生产效率的影响 |
| 2.3.1.3 添加与未添加抗氧化剂对奶牛体内性控胚胎生产效率的影响 |
| 2.3.2 奶牛种用胚胎移植效果的比较 |
| 2.3.2.1 不同季节对牛胚胎移植效果的影响 |
| 2.3.2.2 不同月龄受体母牛对胚胎移植效果比较 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 全基因组选择技术及受精能力检测在奶牛育种中应用效果的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试剂 |
| 3.2.2 仪器设备 |
| 3.2.3 实验方法 |
| 3.2.3.1 试剂的配制 |
| 3.2.3.2 青年种公牛生长发育测定 |
| 3.2.3.3 全基因组检测 |
| 3.2.3.4 DHI测定方法 |
| 3.2.4 实验数据处理 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 种公牛全基因组检测及生长发育研究 |
| 3.3.1.1 青年种公牛生长发育指标分析 |
| 3.3.1.2 青年种公牛全基因组检测及遗传评估 |
| 3.3.2 核心种母牛全基因组检测及其生产性能研究 |
| 3.3.3 种公牛精液AI受胎率与IVF受精率相关性研究 |
| 3.3.3.1 常规冷冻精液IVF受精率与AI受胎率的相关性分析 |
| 3.3.3.2 性控冷冻精液IVF受精率与AI受胎率的相关性分析 |
| 3.3.3.3 常规与性控冷冻精液AI受胎率与参配奶牛胎次的影响 |
| 3.3.3.4 常规和性控冷冻精液IVF受精率与AI受胎率的相关性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 添加异种动物精液及抗氧化剂对奶牛性控冷冻精液生产效率和品质的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.1.1 药品试剂及耗材 |
| 4.2.1.2 器材设备 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.2.1 原精的准备 |
| 4.2.2.2 染色处理 |
| 4.2.2.3 精子分离操作 |
| 4.2.2.4 精子分离平衡和冷冻保存 |
| 4.2.2.5 产品质量检测 |
| 4.2.2.6 输精时精液处理 |
| 4.2.3 实验数据处理 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 添加异种动物精液对奶牛性控冷冻精液生产效率及品质影响 |
| 4.3.1.1 山羊、鹿和绵羊异种精子对牛精子辅助受精推流作用效果比较 |
| 4.3.1.2 奶牛高效性控冷冻精液新产品与常规性控冻精受胎率及性别比例研究 |
| 4.3.2 添加抗氧化剂对奶牛性控冻精品质的影响 |
| 4.3.2.1 添加V_E对奶牛性控冷冻精液品质的影响 |
| 4.3.2.2 添加SOD对奶牛性控冷冻精液品质的影响 |
| 4.3.2.3 添加CAT对奶牛性控冷冻精液品质的影响 |
| 4.3.3 奶牛性控冷冻精液关键技术指标与国内外育种同行企业比较 |
| 4.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表的论文 |
（6）转NRAMP1基因克隆牛的分子鉴定与抗结核功能检测（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文献综述 |
| 第一章 结核病易感基因及家畜转基因抗病育种的研究进展 |
| 1.1 结核病的危害 |
| 1.2 结核病易感基因概述 |
| 1.2.1 常见结核病易感基因的研究进展 |
| 1.2.2 NRAMP1基因抗结核相关研究 |
| 1.3 家畜转基因抗病育种研究进展 |
| 1.3.1 基于SCNT技术的转基因家畜生产研究进展 |
| 1.3.2 CRISPR/Cas9介导的转基因技术概述 |
| 1.3.3 CRISPR/Cas9在家畜抗病育种上的应用 |
| 试验研究 |
| 第二章 NRAMP1转基因牛精准打靶检测 |
| 2.1 材料和试剂 |
| 2.1.1 主要材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器和设备 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 小牛成纤维细胞原代分离培养 |
| 2.2.2 Junction PCR检测插入基因的定点整合 |
| 2.2.3 Southern Blot检测插入基因的拷贝数 |
| 2.2.4 潜在脱靶位点检测 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 小牛成纤维细胞原代分离培养 |
| 2.3.2 Junction PCR检测插入基因的定点整合 |
| 2.3.3 Southern blot检测插入基因的拷贝数 |
| 2.3.4 潜在脱靶位点检测结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 NRAMP1转基因牛的抗结核能力检测 |
| 3.1 材料和试剂 |
| 3.1.1 主要材料 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器和设备 |
| 3.1.4 主要溶液的配制 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 Western blot检测NRAMP1基因组织特异性表达 |
| 3.2.2 牛外周血单核细胞分离与诱导分化 |
| 3.2.3 qPCR检测ROSA26基因座邻近基因表达 |
| 3.2.4 Western blot检测攻菌前后NRAMP1基因的表达 |
| 3.2.5 细胞CFU计数 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 Western blot检测NRAMP1基因组织特异性表达 |
| 3.3.2 牛外周血单核细胞分离与诱导分化 |
| 3.3.3 qPCR检测ROSA26基因座邻近基因表达结果 |
| 3.3.4 Western blot检测攻菌前后NRAMP1基因的表达 |
| 3.3.5 体外攻菌后巨噬细胞的荷菌数分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（7）金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 奶牛乳腺炎研究进展 |
| 1.1.1 奶牛乳腺炎的分类与研究现状 |
| 1.1.2 诱发奶牛乳腺炎的原因 |
| 1.1.3 奶牛乳腺炎的产生机制 |
| 1.1.4 金黄色葡萄球菌相关研究 |
| 1.1.5 常见的奶牛乳腺炎治疗方法 |
| 1.2 噬菌体的发现、分类及生物学特性 |
| 1.2.1 噬菌体发展历史与现况 |
| 1.2.2 噬菌体的形态与结构多样性 |
| 1.2.3 有尾噬菌体目的分类 |
| 1.2.4 噬菌体的侵染周期 |
| 1.3 噬菌体疗法及其对奶牛乳腺炎的防控 |
| 1.3.1 噬菌体疗法概述 |
| 1.3.2 噬菌体对金葡菌的治疗 |
| 1.3.3 噬菌体疗法的局限性 |
| 1.4 本论文的选题依据和研究内容 |
| 2 奶牛乳腺炎致病菌及其噬菌体的分离纯化与生物学特征 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和设备 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 实验仪器与设备 |
| 2.2.4 培养基和实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 奶样的采集 |
| 2.3.2 病原菌的分离纯化 |
| 2.3.3 细菌的生理生化鉴定 |
| 2.3.4 分离株的药敏分析 |
| 2.3.5 分子生物学鉴定 |
| 2.3.6 半数致死量(LD_(50))试验 |
| 2.3.7 噬菌体的分离及纯化 |
| 2.3.8 噬菌体的效价检测 |
| 2.3.9 噬菌体的最佳感染复数测定 |
| 2.3.10 噬菌体的扩增与培养 |
| 2.3.11 噬菌体颗粒的提纯与去杂质 |
| 2.3.12 噬菌体透射电镜观察 |
| 2.3.13 噬菌体宿主谱的测定 |
| 2.3.14 氯仿敏感性测试 |
| 2.3.15 噬菌体温度稳定性测定 |
| 2.3.16 噬菌体pH值稳定性测定 |
| 2.3.17 噬菌体一步生长曲线 |
| 2.3.18 噬菌体对金葡菌生长的影响 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 奶样质地与病原菌菌落形态 |
| 2.4.2 病原菌检测结果 |
| 2.4.3 病原菌理化性质 |
| 2.4.4 金葡菌的药敏检测结果 |
| 2.4.5 金葡菌16s和系统发育树 |
| 2.4.6 金葡菌Sau-XJ-21的半数致死量 |
| 2.4.7 金葡菌Sau-XJ-21的裂解性噬菌体形态 |
| 2.4.8 噬菌体的宿主谱范围 |
| 2.4.9 噬菌斑形态特征 |
| 2.4.10 噬菌体透射电镜形态 |
| 2.4.11 噬菌体最佳感染复数 |
| 2.4.12 噬菌体对氯仿的敏感性 |
| 2.4.13 噬菌体的温度稳定性 |
| 2.4.14 噬菌体的pH稳定性 |
| 2.4.15 噬菌体的一步生长曲线 |
| 2.4.16 噬菌体的体外抑菌效应 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2的全基因组测序与注释 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与设备 |
| 3.2.1 菌株与噬菌体 |
| 3.2.2 主要试剂 |
| 3.2.3 仪器设备 |
| 3.2.4 培养基和实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 噬菌体的纯化与浓缩 |
| 3.3.2 CsCl等密度梯度离心及回收 |
| 3.3.3 噬菌体基因组的提取 |
| 3.3.4 噬菌体的全基因组测序 |
| 3.3.5 噬菌体的全基因组分析和功能注释 |
| 3.3.6 噬菌体的主要功能基因比对与进化分析 |
| 3.3.7 噬菌体裂解酶蛋白结构分析 |
| 3.3.8 数据统计分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 噬菌体的基本生物学信息 |
| 3.4.2 噬菌体的基因分布 |
| 3.4.3 噬菌体的功能基因预测结果 |
| 3.4.4 噬菌体vBSM-A1的全基因蛋白图谱 |
| 3.4.5 噬菌体vBSP-A2的全基因蛋白图谱 |
| 3.4.6 噬菌体tRNA形态结构 |
| 3.4.7 噬菌体的分类学地位 |
| 3.4.8 裂解酶的跨膜区域和信号肽 |
| 3.4.9 裂解酶疏水性及理化性质 |
| 3.4.10 裂解酶二级结构 |
| 3.4.11 裂解酶三级结构 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 小结 |
| 4 噬菌体抑制金黄色葡萄球菌的效果研究及安全性分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料 |
| 4.2.1 仪器与设备 |
| 4.2.2 主要培养基及试剂 |
| 4.2.3 实验动物 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 实验菌株与噬菌体的培养纯化 |
| 4.3.2 小鼠乳腺炎模型的建立与评估 |
| 4.3.3 噬菌体cocktail治疗小鼠乳腺炎的分析 |
| 4.3.4 噬菌体安全性实验及转录组分析 |
| 4.3.5 数据统计与分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 小鼠乳腺炎模型的建立 |
| 4.4.2 噬菌体cocktail对小鼠乳腺炎的治疗结果 |
| 4.4.3 噬菌体cocktail治疗对小鼠肠道菌群的影响 |
| 4.4.4 噬菌体安全性检测及转录组分析结果 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 噬菌体ORF在线预测结果 |
| 附录B 裂解酶的3D模型 |
| 附录C 噬菌体cocktail治疗小鼠的血常规结果 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（8）奶牛乳房炎中热带念珠菌的基因框架图测序分析以及致病性和耐药性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 文献综述 |
| 1 奶牛乳房炎概述 |
| 1.1 奶牛乳房炎的病因 |
| 1.2 奶牛乳房炎的发病率 |
| 1.3 奶牛乳房炎的危害 |
| 1.4 奶牛乳房炎的分类 |
| 1.5 奶牛乳房炎的防控 |
| 2 热带念珠菌的特征及研究现状 |
| 3 真菌全基因组基因框架图测序 |
| 3.1 DNA测序技术 |
| 3.2 基因组学研究进展 |
| 4 研究的目的与意义 |
| 第一章 热带念珠菌的分离鉴定 |
| 1 材料 |
| 1.1 主要生化试剂 |
| 1.2 主要试验仪器 |
| 1.3 培养基的配制 |
| 2 方法 |
| 2.1 样品的采集 |
| 2.2 真菌的培养与分离 |
| 2.3 菌落形态鉴定 |
| 2.4 染色鉴定 |
| 2.5 菌液PCR |
| 2.6 一代测序分析 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 第二章 热带念珠菌基因组框架图测序分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 热带念珠菌DNA的提取及测序 |
| 1.3 基因组序列质量评估和组装 |
| 1.4 基因组组分分析 |
| 1.5 基因组功能分析 |
| 1.6 效应子 |
| 1.7 致病性分析 |
| 1.8 比较基因组分析 |
| 1.9 群体进化分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 基因组序列质量评估和组装 |
| 2.2 基因组组分分析 |
| 2.3 基因组功能注释分析 |
| 2.4 效应因子 |
| 2.5 致病性分析 |
| 2.6 比较基因组分析 |
| 2.7 群体进化分析 |
| 3 讨论 |
| 第三章 热带念珠菌致病性的研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 悬菌液的制备 |
| 2.2 致病性试验 |
| 3 结果 |
| 3.1 临床症状和死亡情况 |
| 3.2 病理解剖变化 |
| 3.3 组织病理学观察 |
| 4 讨论 |
| 第四章 热带念珠菌的耐药性研究 |
| 1 材料 |
| 2 试剂的配置 |
| 2.1 培养基的配置 |
| 3 方法 |
| 3.1 药敏纸片扩散法 |
| 3.2 常量药物梯度检测药物敏感性 |
| 4.结果 |
| 5 讨论 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）云岭牛和婆罗门牛性情性状的GWAS研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要符号对照表 |
| 文献综述 |
| 第一章 黄牛性情性状遗传选育的研究进展 |
| 1.1 性情的定义和重要性 |
| 1.2 性情性状的定义和测量 |
| 1.2.1 肉牛的操作性状 |
| 1.2.2 奶牛的挤奶性状 |
| 1.2.3 其他性状 |
| 1.3 品种内或品种间性情性状的遗传变异 |
| 1.3.1 品种差异 |
| 1.3.2 品种内性情性状的遗传变异 |
| 1.3.3 生产性状的选择对性情的影响 |
| 1.3.4 分子方法:QTL和 GWAS |
| 1.3.5 性情性状在选择育种中的利用 |
| 1.4 性情性状选择的壁垒 |
| 1.5 性情性状选育的前景 |
| 1.6 云岭牛和婆罗门牛的性情 |
| 1.6.1 云岭牛的性情 |
| 1.6.2 婆罗门牛的性情 |
| 试验研究 |
| 第二章 云岭牛的全局和局部祖先比例分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 样品采集和基因组测序 |
| 2.2.2 reads比对和SNP检测 |
| 2.2.3 核苷酸多样性和连锁不平衡检测 |
| 2.2.4 全局祖先比例分析 |
| 2.2.5 局部祖先比例推断 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 云岭牛与婆罗门牛全基因组SNP的鉴定和核苷酸多样性 |
| 2.3.2 云岭牛的全局祖先比例 |
| 2.3.3 云岭牛的局部祖先比例 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 云岭牛和婆罗门牛逃离反应性状的GWAS分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 表型测定 |
| 3.2.2 遗传分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 逃离反应性状的表型变异 |
| 3.3.2 家牛逃离反应性状的相关基因座位 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 云岭牛和婆罗门牛神经递质浓度的GWAS分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 试验动物 |
| 4.2.2 表型检测和分析 |
| 4.2.3 基因组测序、比对和SNP检测 |
| 4.2.4 GWAS分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 神经递质浓度与家牛体尺性状的关系 |
| 4.3.2 家牛5项神经递质浓度的相关基因座位 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 云岭牛和婆罗门牛旷场测试和新物体测试相关性状的GWAS分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 动物群体 |
| 5.2.2 性情性状检测 |
| 5.2.3 表型分析 |
| 5.2.4 样品采集、基因组测序和SNP检测 |
| 5.2.5 GWAS分析 |
| 5.2.6 GWAS相关座位的功能注释 |
| 5.2.7 通路分析 |
| 5.2.8 组织特异性表达分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 性情性状的变异及其对家牛体尺性状的影响 |
| 5.3.2 旷场测试相关性状的两品种全基因组关联分析 |
| 5.3.3 新物体测试相关性状的两品种全基因组关联分析 |
| 5.3.4 云岭牛单品种的全基因组关联分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论和创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 奶牛酮病的概况 |
| 1.1.1 奶牛酮病的发生 |
| 1.1.2 奶牛酮病的症状和分类 |
| 1.1.3 奶牛酮病的诊断方法 |
| 1.1.4 奶牛酮病的发病率和危害 |
| 1.1.5 奶牛酮病的预防和治疗 |
| 1.2 全基因组关联分析的研究进展 |
| 1.2.1 全基因组关联分析的原理 |
| 1.2.2 单核苷酸多态性 |
| 1.2.3 基因芯片技术 |
| 1.2.4 全基因组关联分析的模型 |
| 1.2.5 全基因组关联分析的步骤 |
| 1.2.6 全基因组关联分析在奶牛酮病抗性上的应用 |
| 1.3 选择信号分析 |
| 1.3.1 选择信号的概念 |
| 1.3.2 选择信号的检测方法 |
| 1.3.3 选择信号分析的研究进展 |
| 1.4 基因型填充 |
| 1.4.1 基因型填充原理及主要算法 |
| 1.4.2 基因型填充策略 |
| 1.4.3 基因型填充在全基因组关联分析中的应用 |
| 1.5 APOA1 基因和CPT1A基因研究进展 |
| 1.6 技术路线 |
| 1.7 立体依据与研究意义 |
| 第2章 基因型填充 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和设备试剂 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验设备和试剂 |
| 2.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 数据调取与个体筛选 |
| 2.3.2 血液采集以及血液β-羟丁酸浓度测定 |
| 2.3.3 血液总DNA的提取和质量检测 |
| 2.3.4 血卡滴定 |
| 2.3.5 基因芯片分型和质量控制 |
| 2.3.6 在线数据库芯片数据获取与质量控制 |
| 2.3.7 利用Fimpute软件的第一步基因型填充 |
| 2.3.8 利用Beagle软件的第二步基因型填充 |
| 2.3.9 染色体数据合并和整理 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 采集血液样本的β-羟丁酸含量 |
| 2.4.2 参考150K标记面板的质量控制 |
| 2.4.3 两步法基因型填充数据 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 全基因组关联分析与选择信号分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料和设备试剂 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验设备和试剂 |
| 3.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 表型数据的转化 |
| 3.3.2 基因型数据的质量控制 |
| 3.3.3 群体分层分析 |
| 3.3.4 全基因组关联分析 |
| 3.3.5 选择信号分析 |
| 3.3.6 P值矫正和标准化 |
| 3.3.7 基因注释和富集分析 |
| 3.3.8 多基因风险评分 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 基因型数据的质量控制 |
| 3.4.2 群体分层分布 |
| 3.4.3 酮病抗性的全基因组关联分析 |
| 3.4.4 选择信号分析 |
| 3.4.5 基因富集 |
| 3.4.6 多基因风险评分 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 群体分层分析 |
| 3.5.2 全基因组关联分析与酮病性状相关的候选基因 |
| 3.5.3 正向选择信号分析与酮病性状相关的候选基因 |
| 3.5.4 基因通路富集和关键候选基因 |
| 3.5.5 多基因风险评分 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 候选基因APOA1、CPT1A基因的功能验证 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料和设备试剂 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验设备和试剂 |
| 4.2.3 主要软件、数据库和网站 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 血液RNA的提取和c DNA的转化 |
| 4.3.2 荧光定量PCR检测 |
| 4.3.3 免疫印迹和冰冻切片免疫组织化学程序 |
| 4.3.4 APOA1 基因和CPT1A基因外显子部分和5'侧翼区测序 |
| 4.3.5 测序数据比对和基因分型 |
| 4.3.6 基因多态性和血酮值或二元性状的关联性分析 |
| 4.3.7 生物信息学分析核心启动区域 |
| 4.3.8 APOA1 基因和CPT1A基因启动子报告质粒的克隆与构建 |
| 4.3.9 瞬时转染和荧光素酶报告基因测定 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 APOA1 基因和CPT1A基因在奶牛肝脏中的表达与定位 |
| 4.4.2 APOA1 基因和CPT1A基因5'侧翼区遗传变异的鉴定 |
| 4.4.3 单核苷酸多态位点酮病表型的相关性分析 |
| 4.4.4 APOA1 基因和CPT1A基因的核心启动子区域的确定 |
| 4.4.5 APOA1和CPT1A基因的不同基因型核心启动子区域活性 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 APOA1 基因和CPT1A基因的表达差异 |
| 4.5.2 APOA1 基因和CPT1A基因多态性和奶牛酮病的相关性 |
| 4.5.3 APOA1 基因和CPT1A基因调控酮病的发生 |
| 4.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和参加科研情况 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附录 |
四、奶牛基因组分析研究进展（论文参考文献）
- [1]GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究[D]. 刘丽元. 宁夏大学, 2021
- [2]奶源金黄色葡萄球菌的流行特点及其噬菌体药效动力学研究[D]. 苑晓萌. 山东师范大学, 2021(12)
- [3]高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究[D]. 朱韶华. 甘肃农业大学, 2021
- [4]基于mRNA-miRNA分析的牛乳脂代谢功能基因筛选及KLF6基因功能验证[D]. 夏立新. 吉林大学, 2021
- [5]奶牛种公牛培育及性别控制冷冻精液生产效率影响因素的研究[D]. 孙伟. 内蒙古大学, 2021(10)
- [6]转NRAMP1基因克隆牛的分子鉴定与抗结核功能检测[D]. 袁子坤. 西北农林科技大学, 2021(01)
- [7]金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究[D]. 耿慧君. 大连理工大学, 2020(01)
- [8]奶牛乳房炎中热带念珠菌的基因框架图测序分析以及致病性和耐药性的研究[D]. 王玲. 江西农业大学, 2020
- [9]云岭牛和婆罗门牛性情性状的GWAS研究[D]. 陈秋明. 西北农林科技大学, 2020(02)
- [10]中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证[D]. 白佳琛. 河北工程大学, 2020(08)