一、烤烟品种的RAPD引物筛选（论文文献综述）
王琰琰[1]（2021）在《雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析》文中进行了进一步梳理烟草（Nicotiana tabacum L.）是我国重要的经济作物之一,是偏远地区脱贫的重要保障。雪茄烟是烟草的一种类型,近年来全世界雪茄烟产业呈现出蓬勃发展的趋势。目前,我国优质雪茄烟种质资源相对匮乏,品种混杂现象突出,且遗传背景不清晰,这给雪茄种质资源的收集编目、保存鉴定、新品种选育等工作造成了很大困难。因此,明确我国现有的雪茄烟种质资源遗传结构、资源间亲缘关系,系统构建我国首套雪茄烟SNP指纹图谱,对雪茄烟资源收集鉴定、选育和产业发展具有重要意义。本研究利用SSR、SNP对113份雪茄烟种质资源进行遗传分析,并开发出一套完整的SNP核心标记,对216份雪茄烟资源进行指纹图谱构建和二维条形码绘制工作。主要研究结果如下:一、明确了我国雪茄烟种质资源遗传多样性水平对113份雪茄烟种质资源进行简化基因组测序,进行SNP位点鉴定研究,过滤后得到580942个高质量SNP。同时,利用6个烟草品种从2000对SSR引物中筛选出了43对扩增效果好的SSR引物。利用高质量SNP的碱基连成的序列和43对SSR引物分别对113份雪茄烟种质资源进行了主成分分析、群体遗传结构分析和聚类分析。分析结果均表明了来源地相同的种质分布在不同亚群,即113份雪茄烟种质资源没有按地理来源进行聚类,说明我国雪茄烟种质资源具有丰富的遗传多样性,复杂多样的遗传背景,可为今后雪茄烟育种研究提供宝贵的资源材料。二、开发了首套雪茄烟SNP核心标记在获得的580942个高质量SNP位点中筛选均匀分布在24条烟草染色体上、没有基因型数据缺失、位点的未测通材料数<20、次要等位基因频率（MAF）≥0.34、多态性信息含量（PIC）>0.35、HWE检验p值为≥0.01、多态性位点前后100 bp无其他突变的SNP位点,最终获得163个SNP位点。将筛选获得的SNP位点转化为KASP引物,其中133个成功转化。利用133个KASP引物对96个雪茄烟种质进行基因分型,根据结果筛选出了76个KASP引物,之后利用43份雪茄烟种质验证筛选76个KASP标记,最终筛选到47个核心引物和24个候选核心引物。三、构建了雪茄烟种质资源SNP指纹图谱利用得到的47个核心标记,对216个雪茄烟种质资源进行基因型检测。利用基因型检测结果构建雪茄烟种质资源指纹图谱,并为每份种质编码了一份指纹图谱二维码。根据47个核心KASP引物对216份雪茄烟种质的分型结果,计算了遗传距离矩阵,发现部分品种为疑同品种。之后又利用24对候选核心引物对这些品种进行再次鉴定,并计算其遗传距离,结果表明,HN000129和HN000132,HN000137、HN000027和HN000192,HN000018和HN000019,沂水大弯筋和沂水大弯筋,古巴2号-1和古巴2号-2,HN000147、HN000148、HN000149和HN000177,HN000187和HN000188,HN000182和HN000083,HN000172、山东-1和HN000175,Havana 1号和HN000179,HN000100和HN000110,Connecticut Shade和Bad Geudertheimer Landsorte,HN000101和HN000102,Geudetthelmex、Havana10和Lanka 23,Havana 38和Philippin材料间的遗传距离依然为0。结合田间表型性状发现这些品种的各项指标数据差别很小,确为同一品种。
钱雨清[2]（2021）在《基于SSR标记的烟草DNA指纹图谱的构建与遗传分析》文中研究表明烟草（Nicotiana tabacum L.）是重要的经济作物之一,也是一种常用的模式作物,可用于植物病毒和分子生物学的研究。然而,在利用烟草的过程中,常遇到种子小、株型相近、易混杂等问题,因此,准确有效的品种鉴定手段对烟草的应用十分重要。研究烟草种质资源的遗传背景及亲缘关系,对丰富普通烟草的遗传多样性,培育优良新种质具有重要意义。本研究利用SSR标记对160份不同类型的烟草种质进行了指纹图谱的构建及遗传多样性分析,旨在为烟草品种鉴定及育种工作提供参考。以目前的烟草基因组数据为基础,开发并筛选到10对条带清晰、多态性稳定的特异SSR标记,对160份群体材料（含38份主栽品种）进行扫描,并构建了它们的指纹图谱。同时,分析了这160份种质的遗传多样性及亲缘关系,具体结果如下:（1）通过对11个烟草基因组序列和拟南芥基因组序列的SSR扫描发现:在12个基因组中,六核苷酸重复型SSR个数最多,约占所有SSR个数的57.58%;其次是七核苷酸重复型SSR,约占17.42%;而五核苷酸重复型SSR个数最少,约占2.26%。（2）利用e-PCR等手段,筛选到1,245对通用标记,从中挑选了120对PIC值较高的标记,从每个烟草类型中挑选2～4份代表品种（黄花烟仅1份）验证上述SSR标记,最终筛选到10对PIC值较高、多态性好、条带清晰的特异性标记。（3）用所筛选的10对特异标记扫描160份不同类型的种质材料,构建其指纹图谱,将其中的38份主栽品种的指纹图谱转化成为指纹二维码,以便其推广应用。（4）根据10对特异标记扫描160份烟草种质材料（含38份主栽品种）的结果可知,160份烟草种质的平均等位基因数目（Na）为7.1、平均有效等位基因数目（Ne）为4.01、平均观测杂合度（Ho）为0.278、平均期望杂合度（He）为0.722、平均Nei’s多样性指数（H）为0.720、平均Shannon’s信息指数（I）为1.502、平均多态性信息含量（PIC）为0.675。证明所选标记多态性较好,所选烟草种质材料遗传多样性丰富。（5）UPGMA聚类分析结果表明,160份不同类型的烟草种质（含38份主栽品种）可划分为两个类群,其中N.quadrivalvis（N.bigelovii）烟草自成一个类群,另一个类群可分成两个亚类群,记为A、B亚群,其中,A亚群有62个品种,B亚群有97个品种,A亚群晒烟类型居多,B亚群烤烟类型居多。38份主栽品种主要集中分布在B亚群,而其余不同类型的种质材料则均匀分布于不同亚群。由此可知,与主栽品种相比,其余122份烟草种质材料遗传背景相对丰富,推测可用于主栽品种遗传背景的拓宽与改良。（6）通过主成分分析与群体结构分析,可将160份烟草种质分为两个类群,群内种质分布情况与UPGMA的聚类结果基本一致,进一步证明,与主栽品种相比,不同类型的烟草种质遗传多样性较高,可从中筛选优异的遗传资源应用于烟草改良育种工作。
吴宇瑶[3]（2020）在《基于烟草转录组的SNP标记开发及其初步应用》文中研究指明烟草（Nicotiana tabacum L.）是我国重要的经济作物之一,但我国烟草育种面临亲本匮乏、品种遗传背景狭窄、盲目性、重复性大等问题。SNP标记被广泛应用于作物种质资源的亲缘关系鉴定、遗传图谱构建、分子标记辅助选择等方面。高通量转录组测序为SNP标记的开发提供了大量信息,但在烟草中的应用鲜有报道。因此,本研究基于烟草转录组测序获得的大量unigenes,利用生物信息学方法鉴定出大量SNPs,进而根据SNP位点信息开发AS-PCR和KASP标记,并应用于烟草种质遗传多样性分析和种质的指纹图谱构建。具体研究结果如下:1.采用高通量Illumina HiSeqTM对10个烟草材料进行转录组测序,共获得108.04G Clean bases,平均每个样本10.084G。将reads比对到参考基因组上进行SNP calling,共获得SNP位点121416个。其中,转换型SNP有78236个,占比64.4%,颠换型SNP有42842,占比35.3%,二者之比为1.83:1。转换型中,C->T略多,而G->T在颠换型中占多数。2.采用AS-PCR、ARMS-PCR和KASP三种方法进行SNP检测,结果表明:AS-PCR和KASP都能有效地检测出SNP,重复性好、稳定性强。对AS-PCR反应条件进行优化,最优PCR反应体系为:5 ul 2×Taq MasterMixⅡ、FA/FB引物各0.25ul、DNA 30 ng,ddH2O补足至10ul。最优的PCR扩增程序为:95℃预变性3min、95℃变性30s、最佳退火温度下退火30s、72℃延伸1min、35个循环、72℃延伸5min。3.设计265对AS-PCR引物和30组KASP引物,运用优化的AS-PCR反应条件和KASP技术同时对30个SNP位点进行检测。开发了46对AS-PCR标记,其中42对多态性能检测出8个多态性SNP;开发了11组KASP标记,能检测出11个多态性SNP。因此,表明KASP技术的检测效率更高,但相对于AS-PCR,KASP技术成本高,所需仪器较复杂,耗时也相对较长。4.利用NCBI数据库中的ORF finder预测其11个SNP位点序列的开放阅读框。结果显示:11个SNP位点中,S368位于5’UTR区,S382位于3’UTR区,其他9个位点位于编码区,其中6个SNP的变化会造成错义突变。根据转录组数据中的GO注释和KEGG富集分析,发现11个多态性SNP位点基因的功能涉及到氰胺酸代谢、淀粉和蔗糖代谢、次生代谢产物的生物合成、苯丙烷生物合成、植物病原-互作等生物过程。5.开发的16组SNP引物在94份烟草材料中共检测到22个不同的等位基因位点,多态信息含量PIC值范围在0.022-0.375,PIC平均值为0.287。94份烟草材料的遗传相似性系数在0.22-1.00之间,遗传多样性丰富。在相似性系数为0.73时,可将94份烟草材料分为四大类;相似性系数为1.00时,可将94份烟草材料分为34类。11个多态性SNP标记能将24份烟草材料区分开。利用11个多态性SNP标记构建了34份烟草种质的指纹图谱。
轩贝贝,胡利伟,田阳阳,过伟民,郭建华,刘魁,王正旭,田栾栾,赵艳珍,孟祥宇,余涵,张艳玲[4]（2020）在《SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析》文中认为为筛选出适合烤后烟叶的分子标记并用于烤烟遗传多样性分析,以烤后烟叶为材料,利用毛细管电泳技术检测SRAP与SSR标记在烤后烟叶中的多态性和稳定性,并基于稳定性较好的SSR分子标记分析了云烟87、云烟97、云烟116、翠碧1号、红花大金元、中烟100、K326、KRK26、NC297等9个烤烟品种的遗传多样性。结果表明:与新鲜烟叶相比,烤后烟叶DNA降解较为严重,其降解主要发生在烘烤过程中干筋期的中后期。与SRAP相比,SSR标记在烤后烟叶中扩增稳定性更好,但多态性略差。此外,NTGS66290、NTGS66292、NTGS66295、PT30008、PT30169、PT30361、PT30403和PT30424等8对SSR引物能将9个烤烟品种进行有效区分,其遗传相似系数为0.250～0.900,平均值为0.622。
赖瑞强[5]（2019）在《烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图》文中提出烟草青枯病是影响烟草产质量的主要病害之一,该病的发生常造成重大的经济损失。选育优良抗病品种是减少青枯病发生的最佳措施,而运用与抗病相关的分子标记辅助抗病材料的筛选能加速品种选育的进程。因此,了解青枯病抗病遗传特性,探测和发掘与青枯病抗性密切相关的优异等位基因,辅助烟草抗病材料的筛选,对提高烟草抗青枯病的能力至关重要。现阶段,青枯病抗病遗传分析主要采用连锁分析或关联分析;然而,烟草青枯病抗性属于数量性状遗传,单纯利用连锁分析或关联分析对其进行研究,探测到的信息有限。因此,本研究利用一个包含133份F7单粒传重组自交系（Recombinant inbred lines,RILs）群体和一个包含94份种质的自然群体分别进行连锁分析和关联分析,并利用共同的分子标记开展联合作图,探讨烟草青枯病的抗病遗传。主要研究结果如下:1、应用R语言对RIL群体和自然群体多年多点的青枯病病情指数进行主效可加互作可乘（Additive main effects and multiplicative interaction,AMMI）模型分析,获悉基因型和环境对供试烟草表型的作用力。结果发现环境因子对两个群体的烟草青枯病抗性的影响最大,其次为基因型,而基因型与环境的交互作用的影响效应最小。对各株系和各种质材料对青枯病抗性的稳定性进行评价,发现RIL群体的稳定性较自然群体的高;其中,RIL群体各株系的稳定性参数在0.0070.798之间,平均为0.510,株系稳定性具有明显差异,稳定性最好的材料为株系48;而自然群体各材料的稳定性参数在0.5320.619之间,平均为0.605,材料间稳定性差异不明显,稳定性最好的种质为“丰字6号”。2、利用253个SSRs和293个InDels共546个分子标记对133份RILs进行基因分型,继而构建了一张包含192个SSRs和271个InDels共463个标记的遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组总长度为1230.73 cM,标记平均间距为2.66 cM。据此,利用4个环境中RIL群体各株系的病情指数数据进行QTL定位,探测到4个QTLs,即qTBWR-6-E4、qTBWR-11-E3、qTBWR-17-E1和qTBWR-18-E2。这些QTLs的LOD值均大于3,且青枯病病情指数的表型变异解释率均超过10%,分别位于连锁群6、连锁群11、连锁群17和连锁群18。该结果丰富了青枯病抗性的QTL位点,为分子标记辅助育种积累了理论基础。3、利用546个分子标记对94份烟草种质组成的自然群体进行基因分型和群体结构分析,开展基于连锁不平衡的关联分析探测与青枯病抗性相关的分子标记。结果表明546个标记在94份烟草种质中检测到1503个等位变异位点,平均每个标记为2.75个位点;这些标记的多态性信息量（PIC）值在0.10070.8760之间,平均为0.4584。基于等位变异位点信息,构建了376个单倍型;在此基础上进行群体结构分析,将94份种质划分为2个类群,表明本研究烟草种质的群体结构简单,有利于减少伪关联。二年田间鉴定数据分别与376个单倍型和1503个标记位点进行关联分析,发现8个单倍型和17个等位位点对青枯病病情指数的表现变异解释率分别达到8.21%11.42%和7.91%23.31%。4、利用RIL群体和自然群体进行连锁与连锁不平衡联合作图分析,在平行作图分析中发现单倍型Hap227与qTBWR-18-E2在连锁群LG18上的距离仅1.14cM,而单倍型Hap363与qTBWR-17-E1在连锁群LG17的距离为3.15 cM,因此这两个区段可能存在青枯病抗性的相关基因。在整合作图中共发现到8个单倍型和10个等位变异与烟草青枯病抗病性相关,对青枯病病情指数的表现变异解释率分别在4.95%7.06%和3.49%6.27%之间。另外,在连锁分析中检测到的QTL qTBWR-6-E4其左翼标记RAD-66中的两个变异位点（亦为单倍型Hap’159）在整合作图分析中被探测到与抗病性相关;还有单倍型Hap’545、Hap’546（亦为单倍型Hap363）和变异位点S’1及S’3在94份材料的关联分析和整合作图分析中均被探测到与抗病性相关。5、检测经连锁分析、关联分析和整合作图分析其中两种或以上方法共同发现的与抗病性相关的4个单倍型（Hap’159、Hap’545、Hap’546、Hap227）和2个变异位点（S’1和S’3）的效应,发现Hap’159和Hap’546对青枯病病情指数具有减效效应,而Hap’545、Hap227、S’1和S’3为增效效应。利用这些单倍型和位点共同评价烟草材料,发现减效效应可达到-12.91,远高于单一单倍型或位点或它们间的其他不同组合评价的平均效应值,且其载体材料全部表现出抗性。通过分子标记结合稳定性参数,发现1个具有高抗且较稳定的重组自交系株系106,其稳定性参数为0.094,两年多点环境下的平均病情指数仅为5.56。研究结果可为烟草青枯病抗病材料的分子标记辅助筛选提供参考。
迟文超[6]（2018）在《普通烟草微卫星标记的电子开发及数据库建设》文中进行了进一步梳理微卫星又称简单序列重复（SSR）,在真核生物基因组中大量存在,具有变异丰富、多态性高、共显性等特征,是一种非常有用的分子标记,已广泛应用于遗传作图、基因定位、种质鉴定、分子标记辅助育种等。烟草（Nicotianatabacum L.）是重要的经济作物。烟草中已经开发了很多SSR标记,并已构建高密度的SSR标记遗传图谱。但由于烟草的遗传多样性较低,必须开发更多的SSR标记才能满足遗传研究和育种应用的需要。随着二代测序技术的发展,三个烟草品种（BX、TN90和K326）的基因组被测序并发表,为大规模开发烟草SSR标记提供了宝贵的数据。利用这些数据,本研究对烟草SSR进行全面搜索和分析,通过引物设计和多态性检测开发SSR标记,并根据与已发表的SSR标记的连锁关系,将部分新开发的SSR标记定位到烟草遗传图谱上。另外,根据所得结果,还构建了烟草SSR标记数据库。主要结果如下:（1）共搜索到630,742个SSR。其中,14.44%为三品种共有,27.97%为两品种共有,57.58%为单品种特有。（2）在不同重复类型的SSR中,以双碱基重复的数量最多,三碱基重复次之,第三为五碱基重复。（3）就各种基序而言,单碱基A/T多于G/C;双碱基以AT/TA最多,GC/CG最少;三碱基以AAC/GTT最多,CGC/GCG的数量最少。总体看,GC含量越高则数量越少。（4）在三个品种中,大约3/5的SSR成功设计出PCR引物,具有开发成为分子标记的潜力。（5）在两品种或三品种间共有的SSR中,有17.39%在品种间表现出多态性,其中以双碱基类型最多,三碱基类型次之。（6）通过e-PCR将已发表的SSR标记定位到三个烟草品种的scaffold中,从而将相应的scaffold定位到遗传图谱上。进一步根据scaffold中的位置关系,将大量新开发的SSR标记（约46,000个）定位了到烟草遗传图谱中,使遗传图谱的密度大约增加了 20倍以上。本研究结果极大增加了烟草SSR标记的数量,将促进烟草遗传研究和分子育种的发展。
张铭真[7]（2017）在《烟草根结线虫病抗性关联分析》文中研究指明根结线虫是重要的制约及危害农作物的病害之一,它可寄生的植物范围较广,传播途径多,也是农作物中较难防治的土传病害之一,根结线虫病同样也危害烟草。由于植烟土地轮作制度,复种指数增加,根结线虫病给各植烟产区造成的危害和损失也日趋严重,一般可造成烟叶减产30%-50%。目前生产上使用的防治方法虽然很多,但是防治效果并不显着,不仅不能够从根本上解决根结线虫病害问题,还会给植烟环境造成较严重污染,给环境治理造成较重的负担;而培育烟草抗根结线虫病品种,增强烟草本身对根结线虫病的抗性,是最经济有效的解决方法。我国有较丰富的烟草种质资源,这为烟草根结线虫病抗性育种提供了材料基础。关联分析是近几年来逐渐发展起来的新方法,能够找到与植物性状直接相关联的分子标记。本研究通过关联分析的方法探寻与烟草抗根结线虫病性状相关联的分子标记,为烟草根结线虫病抗性育种工作提供一定的理论依据。本研究选取81份烟草种质资源材料作为研究对象,鉴定每个种质资源的根结线虫病抗性,同时用70对SSR分子引物扩增的群体全基因组多态性数据,结合NTSYS软件、STRUCTURE软件及TASSEL软件对烟草种质资源群体的遗传特征及群体结构进行分析,主要结果如下:1.连续对81份烟草种质材料根结线虫病抗性进行了2年的表型鉴定,2015年根结线虫病抗性鉴定结果中显示高感材料5份,感病材料45份,中抗材料20份,抗病材料11份;2016年抗性鉴定结果显示高感材料4份,感病材料46份,中抗材料22份,抗病材料9份。其中抗病性状变异系数范围在32.96%-37.57%之间。结果表明供试种质材料在根结线虫病抗性性状上表型多样性较大。2.利用筛选出的70对SSR引物对81份烟草种质材料进行分析,一共检测到434个等位变异,平均每对引物可以检测出6.2个等位变异,表明SSR分子标记的多态性较高;各引物的多态性信息指数PIC值变化范围为0.180.91,PIC平均值为0.63。3.用STRUCTURE2.3.4软件对烟草群体结构进行分析,将81份供试烟草种质材料划分两个亚群即P1和P2,分别包含45份和36份材料。NTSYS-pc2.10e软件遗传聚类分析结果也是将81份材料划分为两个亚群,与群体结构分析结果相一致。4.对群体进行连锁不平衡分析,r2多分布在0-0.2的范围内,r2平均值为0.034,表明81份烟草种质材料群体中存在一定连锁不平衡。5.通过TASSEL软件的GLM模型的关联分析,检测到4个与烟草根结线虫抗性相关联的分子标记;MLM模型的关联分析检测到3个与烟草根结线虫病抗性相关联的分子标记;其中PT30123和PT30296分子标记是GLM模型、Q模型、K模型以及K+Q模型共同检测到与烟草根结线虫抗性性状显着关联的分子标记。
王欣怡[8]（2017）在《新疆陆地棉SSR指纹图谱构建及品种真实性和纯度鉴定研究》文中认为棉花是我国重要大宗农产品,新疆肩负着我国棉花安全生产的重任。随着种业发展速度的加快,市场化程度的提高,棉花品种同质化、种子质量下降、品种套牌等问题表现突出,严重影响棉花产业的健康发展。建立准确、便捷的DNA指纹图谱及品种真实性和纯度鉴定方法,加强种子选育、生产、加工、检验、管理工作的技术创新,为质量鉴定提供高效技术手段极为必要。本研究以近40年间新疆在生产上推广种植的120份陆地棉品种为材料,建立新疆陆地棉品种DNA指纹图谱,同时分析其遗传多样性水平,并利用筛选得到的核心标记进一步探讨了棉花常规种真实性及纯度检测方法。主要结论如下:1.从分布于棉花全基因组的586对多态性引物中,筛选得到78对核心引物。不同染色体上的标记检测到的等位位点个数、多态性位点个数都有很多差异。78个核心引物均匀覆盖棉花26对染色体,每条染色体3对引物,在120份复筛材料中共检测到210种等位变异,平均等位变异数5.03个。2.采用78对SSR引物对120个陆地棉品种进行指纹分析,结果指出,最少选用12对标记进行组合鉴定,可将120份新疆陆地棉品种全部区别开。此外,应用NTSYS-pc v2.1对其遗传多样性水平作出评价,聚类分析结果表明,在遗传距离0.68处,所有的品种被分为3个类群,聚类分析结果所揭示的120份陆地棉分子水平差别与品种系谱来源基本吻合。3.以标准样品为对照,26对首选核心标记对10份棉花常规种真实性进行SSR鉴定。结果表明,仅有源棉6号与标准品种的DNA图谱高度一致,其他9份供试品种与标准品种均存在818个差异位点。分子鉴定结果与实际鉴定相符。4.分别选用5对SSR引物采用单位点平均法对4份棉花常规种纯度进行SSR检测与田间种植检测。结果表明,4份供试品种中源棉6号纯度最高为98.0%,源棉1号最低为90.5%。SSR检测结果与田间种植检测结果具有正相关性。利用以上方法,最终建立了一套快捷、准确的棉花品种真实性和纯度鉴定体系。
杨玉娇[9]（2015）在《烟草EST-SSR标记的开发和遗传多样性的分析》文中研究说明烟草（Nicotianata bacum L.）是世界上重要的经济作物之一,也是分子生物学和基因工程研究中的一种非常经典的模式植物。我国是世界上烟草生产和消费最大的国家,烟草的品质和质量直接关系着我国的财政收入。但目前我国的烟草面临着遗传背景狭窄、亲本材料匮乏等重大问题,严重制约了烟草育种,尤其是低害或无害烟草育种工作的进程。分子标记辅助育种因能显着提高育种效率而成为世界广泛研究和采用的技术。SSR标记技术是众多标记技术中的一种,它起源于上世纪90年代,是一种以PCR为基础的分子标记技术。由于其具有在基因组上数量多、分布均匀、多态性丰富、重复性好以及呈共显性遗传等优点,被广泛应用于生物的遗传研究中。因此,烟草SSR标记的开发,对烟草遗传多样性研究、遗传图谱的构建、重要农艺性状的基因定位、以及分子标记辅助育种等都具有重要的生物学意义。本研究利用NCBI数据库中已有的烟草EST序列以及林烟草和绒毛状烟草的基因组测序结果,鉴定EST-SSR和genomic SSR,比较分析标记的分布频率和特点,进而成功开发并建立了 EST-SSR标记;利用这些EST-SSR标记研究分析了 20份烟草种质资源遗传多样性。主要有以下研究结果:1.明确了烟草EST-SSR标记的分布频率和特点。从NCBI数据库中下载了 429,869条烟草EST序列,用软件CD-HIT剔除冗余序列,最终生成379,967条Uni-EST。共检索到了 38,165条EST-SSR,检出率为10.04%。将非冗余EST序列拼接后得到的总长度为210,809.9kb,平均距离为5.52kb,共包括124种重复基元。其中单核苷酸和三核苷酸重复为主要类型,分别占全部SSR的40.53%和34.51%。在所有的重复基元中,A/T重复基元数目最多,占全部SSR的36.61%;其次为AGC/GCT和AG/CT,分别占14.83%和12.16%。同时,基于林烟草和绒毛状烟草基因组的SSR扫描结果,对EST-SSR和genomic SSR的特点进行了分析比较,为进一步开发EST-SSR标记奠定了理论基础。2.成功建立了烟草EST-SSR标记。将所有的EST-SSR引物在林烟草和绒毛状烟草的基因组上进行比对,获得了唯一匹配到基因组上的EST-SSR引物,同时将这些引物和花色素苷合成相关的类黄酮化合物合成途径以及烟碱转化性状相关基因在烟草基因组上进行排序,获得了基因附近的SSR。共设计了 86对EST-SSR引物,包括48对随机挑选的引物和38对基因附近的SSR引物,在两个重组群体的两对亲本材料中进行筛选,有47对引物可以扩增出目的片段,包括21对基因附近的SSR引物,其中有15对引物表现出良好的多态性,多态性比例为17.44%。3.烟草种质资源遗传多样性研究。利用15对多态性良好的EST-SSR引物对20份不同类型的烟草材料进行了遗传多样性研究。共检测到了 58个等位基因位点,平均每对引物可以扩增出3.86条DNA片段,多态性引物的多态性信息含量（PIC）在0.16-0.71,平均0.54,表现出高水平的多态性。UPGMA聚类结果显示这20份材料的遗传相似系数在0.490-0.93之间,材料间表现出明显的遗传变异。在遗传相似系数为0.49处,可将20份烟草材料分为两大组:黄花烟草聚为一组,普通烟草聚为另一组;在普通烟草组中,香料烟被单独归为一类。但整体来看这些普通烟草之间的遗传相似系数较高,表现出较近的亲缘关系。PCA分析结果显示,在所有的烟草材料中黄花烟草被成功地区分开来,这与UPGMA聚类结果一致。本研究基于烟草EST序列和基因组测序结果,成功开发了 15对多态性稳定且条带清晰的EST-SSR引物,这些SSR标记及开发技术为后续的基因定位、遗传图谱的构建以及分子标记辅助育种等研究提供了有用的信息。
罗昭标,陈欢,毛华,占资抚,王木荣[10]（2014）在《分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展》文中进行了进一步梳理简要综述了分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展,包括烟草化学、普通农艺和抗病性等性状,讨论了其存在的问题及应用前景,以期为分子标记应用于烟草性状连锁基因定位和特色优质烟叶育种分子标记辅助选择研究的进一步发展提供借鉴。
二、烤烟品种的RAPD引物筛选（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、烤烟品种的RAPD引物筛选（论文提纲范文）
（1）雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 烟草种质资源概况 |
| 1.1.1 烟草种质资源研究进展 |
| 1.1.2 雪茄烟种质资源现状 |
| 1.2 分子标记技术研究进展 |
| 1.2.1 分子标记技术概况 |
| 1.2.2 SSR标记在烟草育种中的应用 |
| 1.2.3 SNP标记及检测方法 |
| 1.2.4 SNP在育种上的研究进展 |
| 1.3 简化基因组测序 |
| 1.3.1 简化代表库 |
| 1.3.2 SLAF-seq技术 |
| 1.3.3 RAD-seq技术 |
| 1.3.4 GBS技术 |
| 1.4 DNA指纹图谱 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱的发展 |
| 1.4.2 DNA指纹图谱在烟草中的研究进展 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 利用SNP进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.3.1 GBS测序 |
| 2.1.3.2 SNP鉴定 |
| 2.1.3.3 数据处理 |
| 2.1.4 利用SSR标记进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.4.1 SSR引物 |
| 2.1.4.2 PCR扩增 |
| 2.1.4.3 银染法电泳 |
| 2.1.4.4 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 SNP位点发掘 |
| 2.2.2 基于全基因组SNP的群体遗传分析 |
| 2.2.3 SSR引物的筛选 |
| 2.2.4 基于SSR分子标记的群体遗传分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 基于SSR和 SNP标记分析雪茄烟种群体遗传的优越性 |
| 2.3.2 基于SNP标记进行雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.3 基于SSR标记进行的雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.4 基于SSR和 SNP标记的群体遗传分析比较 |
| 第三章 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SNP标记筛选 |
| 3.1.4 KASP分型验证 |
| 3.1.5 性状调查 |
| 3.1.6 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SNP位点的筛选 |
| 3.2.2 KASP引物设计及核心位点的挑选 |
| 3.2.3 DNA指纹图谱的构建 |
| 3.2.4 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 雪茄烟种质资源SNP核心引物开发 |
| 3.3.2 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.3.3 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 4.2 开发了首套雪茄烟SNP核心标记 |
| 4.3 构建了雪茄烟种质资源DNA指纹图谱 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 附录 C |
| 附录 D |
| 附录 E |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（2）基于SSR标记的烟草DNA指纹图谱的构建与遗传分析（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 烟草种质资源 |
| 1.1.1 烟草种质资源类型 |
| 1.1.2 烟草主要种质资源的利用 |
| 1.2 烟草存在的问题及遗传改良 |
| 1.2.1 烟草存在的问题 |
| 1.2.2 烟草品种改良 |
| 1.3 分子标记技术 |
| 1.3.1 分子标记的种类 |
| 1.3.2 SSR分子标记技术 |
| 1.4 指纹图谱技术 |
| 1.4.1 指纹图谱的种类 |
| 1.4.2 DNA指纹图谱的应用 |
| 1.5 SSR遗传图谱在烟草中的研究进展 |
| 1.6 本研究目的与意义 |
| 1.7 课题主要研究内容 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 分子标记的开发 |
| 2.1.1 基因组序列数据的获取 |
| 2.1.2 SSR位点扫描 |
| 2.1.3 SSR标记设计 |
| 2.1.4 e-PCR验证 |
| 2.2 烟草指纹图谱的构建 |
| 2.2.1 主要材料、试剂和仪器设备 |
| 2.2.2 引物筛选 |
| 2.2.3 DNA提取 |
| 2.2.4 PCR扩增 |
| 2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 2.3 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 SSR标记筛选结果 |
| 3.2 烟草DNA指纹图谱构建 |
| 3.3 烟草遗传多样性分析 |
| 3.3.1 SSR标记在烟草主栽烤烟品种中的多态性分析 |
| 3.3.2 SSR标记在全部材料中的多态性分析 |
| 3.3.3 160份种质材料的聚类分析 |
| 3.3.4 160份种质材料的主成分分析 |
| 3.3.5 160份种质材料的群体结构分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 不同类型的烟草种质SSR多态性关系 |
| 4.2 烟草特殊品种——N.quadrivalvis(N.bigelovii) |
| 4.3 聚类分析的亚类群分布 |
| 4.4 不同种质材料表型差异分析及利用 |
| 4.5 指纹图谱的应用与展望 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（3）基于烟草转录组的SNP标记开发及其初步应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 DNA分子标记技术的种类及其特点 |
| 1.1.1 第一代DNA分子标记 |
| 1.1.1.1 限制性内切酶酶切片段长度多态性(RFLP) |
| 1.1.1.2 随机扩增DNA多态性(RAPD) |
| 1.1.1.3 扩增片段长度多态性(AFLP) |
| 1.1.2 第二代DNA分子标记 |
| 1.1.2.1 简单重复序列(SSR)标记 |
| 1.1.2.2 简单重复序列区间(ISSR)标记 |
| 1.1.3 第三代DNA分子标记 |
| 1.2 SNP的发掘技术 |
| 1.2.1 基于公共数据库中的EST序列开发SNP |
| 1.2.2 基于基因组序列开发SNP |
| 1.2.3 基于第二代高通量测序技术开发SNP |
| 1.2.4 基于Genotyping-by-sequencing(GBS)开发SNP |
| 1.3 SNP的检测方法及原理 |
| 1.3.1 基于凝胶电泳的检测方法 |
| 1.3.1.1 单链构象多态性(SSCP) |
| 1.3.1.2 酶切扩增多态性序列(CAPS) |
| 1.3.1.3 等位基因特异性PCR(AS-PCR) |
| 1.3.2 基于高通量、自动化的检测方法 |
| 1.3.2.1 直接测序 |
| 1.3.2.2 基因芯片 |
| 1.3.2.3 变性高效液相色谱(DHPLC) |
| 1.3.2.4 质谱检测 |
| 1.3.2.5 高分辨熔解曲线(HRM) |
| 1.3.2.6 KASP技术 |
| 1.4 SNP标记在作物遗传育种中的应用 |
| 1.4.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 1.4.2 重要性状的基因定位 |
| 1.4.3 品种鉴定及种质资源管理 |
| 1.5 烟草DNA分子标记研究现状 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 设备与仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 烟草转录组测序 |
| 2.2.2 SNP位点筛选 |
| 2.2.3 SNP引物设计 |
| 2.2.3.1 等位基因特异性PCR(AS-PCR)引物 |
| 2.2.3.2 四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)引物 |
| 2.2.3.3 竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele specific PCR,KASP)引物 |
| 2.2.4 DNA提取及检测 |
| 2.2.5 AS-PCR扩增条件的优化 |
| 2.2.6 SNP检测方法的选择 |
| 2.2.7 SNP扩增产物的基因分型 |
| 2.2.8 烟草种质的遗传多样性分析 |
| 2.2.9 DNA指纹图谱构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于转录组测序的SNP分析 |
| 3.2 DNA浓度、纯度及质量检测 |
| 3.3 AS-PCR扩增条件的优化 |
| 3.3.1 退火温度的优化 |
| 3.3.2 反应体系的优化 |
| 3.3.3 反应程序的优化 |
| 3.4 烟草SNP标记检测方法的选择 |
| 3.4.1 AS-PCR、Tetra-primer ARMS-PCR和 KASP对位点S350 的检测效果 |
| 3.4.2 AS-PCR、Tetra-primer ARMS-PCR和 KASP对位点S382 的检测效果 |
| 3.5 多态性SNP引物筛选 |
| 3.6 SNP扩增产物的基因分型 |
| 3.6.1 AS-PCR检测方法的SNP分型 |
| 3.6.2 KASP检测方法的SNP分型 |
| 3.7 SNP位点序列的功能分析 |
| 3.8 94份烟草材料的SNP遗传多样性分析 |
| 3.8.1 SNP标记的多态性分析 |
| 3.8.2 94份烟草材料的聚类分析 |
| 3.8.3 DNA指纹图谱的构建 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 PCR体系对扩增产物的影响 |
| 4.1.2 引物3’端不同错配方式对PCR扩增产物的影响 |
| 4.1.3 SNP标记检测方法的选择 |
| 4.1.4 基于转录组开发SNP标记 |
| 4.1.5 SNP标记的遗传多样性分析 |
| 4.1.6 SNP指纹图谱构建 |
| 4.1.7 SNP与生物学性状的关系 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 Ⅰ:46对AS-PCR引物序列信息 |
| 附录 Ⅱ:11组KASP多态性引物序列信息 |
| 附录 Ⅲ:16组多态性SNP引物 |
（4）SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 烟叶基因组DNA的提取与检测 |
| 1.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 1.5 SRAP与SSR引物的合成 |
| 1.6 荧光引物PCR扩增 |
| 1.7 毛细管电泳检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 烟叶DNA提取与检测 |
| 2.2 烘烤过程中烟叶DNA的降解 |
| 2.3 烤后烟叶和新鲜烟叶的DNA完整度比较 |
| 2.4 SRAP与SSR引物PCR扩增稳定性比较 |
| 2.5 SSR引物筛选与烤烟遗传多样性分析 |
| 3讨论 |
| 4结论 |
（5）烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 烟草青枯病的研究现状 |
| 1.1.1 烟草青枯病的病原特征、引发的病症和致病机理 |
| 1.1.2 烟草青枯病的抵御机制 |
| 1.1.3 烟草青枯病的防治方法 |
| 1.1.4 烟草青枯病的抗病遗传 |
| 1.1.5 烟草青枯病抗性鉴定评价和品种选育 |
| 1.1.6 基因型与环境的交互作用 |
| 1.2 DNA分子标记 |
| 1.2.1 遗传标记技术 |
| 1.2.2 DNA分子标记的类型 |
| 1.3 烟草遗传图谱的构建与青枯病抗病QTL定位 |
| 1.3.1 连锁分析的作图群体 |
| 1.3.2 烟草遗传图谱 |
| 1.3.3 烟草青枯病抗性的QTL定位 |
| 1.4 烟草相关性状的关联分析 |
| 1.5 连锁与连锁不平衡的联合分析 |
| 1.6 研究的意义、目的及主要内容 |
| 1.6.1 研究的意义及目的 |
| 1.6.2 主要研究内容 |
| 第二章 烟草材料的青枯病抗病性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验设计 |
| 2.1.3 青枯病病情调查 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 烟草青枯病病情指数 |
| 2.2.2 基因型与环境的交互作用和广义遗传力 |
| 2.2.3 不同基因型烟草的稳定性评价 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 烟草遗传连锁图谱的构建及青枯病抗性的QTL定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验设计 |
| 3.1.3 青枯病病情指数调查 |
| 3.1.4 烟草基因组DNA的提取 |
| 3.1.5 SSR和 InDel分子标记及PCR扩增 |
| 3.1.6 数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 烟草青枯病病情指数表型 |
| 3.2.2 分子标记的多态性分析 |
| 3.2.3 烟草遗传连锁图谱的构建 |
| 3.2.4 烟草青枯病抗性的QTL定位 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 烟草种质的遗传多样性及青枯病抗性的关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 试验设计 |
| 4.1.3 青枯病病情调查 |
| 4.1.4 烟草基因组DNA的提取 |
| 4.1.5 SSR和 InDel分子标记及PCR扩增 |
| 4.1.6 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 94份烟草材料的抗性鉴定 |
| 4.2.2 分子标记的多态性分析 |
| 4.2.3 基因多样性及亲缘关系分析 |
| 4.2.4 单倍型的构建及群体结构分析 |
| 4.2.5 烟草青枯病抗性的关联分析 |
| 4.2.6 变异位点与单倍型关联分析的比较 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 连锁与连锁不平衡联合作图分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 试验设计 |
| 5.1.3 青枯病病情指数调查 |
| 5.1.4 烟草全基因组DNA的提取。 |
| 5.1.5 SSR和InDel分子标记技术及PCR扩增 |
| 5.1.6 数据处理 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 连锁与连锁不平衡平行作图分析 |
| 5.2.2 228份烟草材料的群体结构分析 |
| 5.2.3 整合群体的关联分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 分子标记辅助预测烟草材料的抗病性 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 表型效应分析方法 |
| 6.1.3 青枯病抗病能力评价 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 单个单倍型或变异位点的表型效应分析及材料抗性评价 |
| 6.2.2 单倍型和变异位点间不同组合的表型效应分析及材料抗性评价 |
| 6.2.3 不同评价类型的表型效应分析及材料抗性评价结果的比较 |
| 6.3 讨论 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 研究结论 |
| 7.1.1 烟草材料的青枯病抗病性分析 |
| 7.1.2 烟草青枯病的QTL定位 |
| 7.1.3 烟草青枯病抗性的关联分析 |
| 7.1.4 连锁与连锁不平衡联合作图分析 |
| 7.1.5 烟草材料的抗病性评价 |
| 7.2 展望 |
| 参考文献 |
| 研究生期间发表的论文 |
| 致谢 |
（6）普通烟草微卫星标记的电子开发及数据库建设（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 烟草概述 |
| 1.1.1 烟草的起源与进化 |
| 1.1.2 烟草栽培种的形成 |
| 1.2 普通烟草分类 |
| 1.2.1 烤烟 |
| 1.2.2 晒烟 |
| 1.2.3 晾烟 |
| 1.2.4 白肋烟 |
| 1.2.5 香料烟 |
| 1.3 烟草基因组测序 |
| 1.3.1 本氏烟草基因组测序 |
| 1.3.2 林烟草与绒毛状烟草基因组测序 |
| 1.3.3 普通烟草基因组测序 |
| 1.3.4 渐狭叶烟草与欧特布斯烟草基因组测序 |
| 1.4 DNA分子标记 |
| 1.4.1 RFLP |
| 1.4.2 RAPD |
| 1.4.3 AFLP |
| 1.4.4 SSR |
| 1.4.5 ISSR |
| 1.4.6 SSAP |
| 1.4.7 DART分子标记 |
| 1.4.8 SCAR |
| 1.4.9 SNP |
| 1.4.10 EST(Expressed Sequence Tag)标记 |
| 1.5 烟草分子标记遗传图谱 |
| 1.5.1 野生烟草分子标记遗传图谱 |
| 1.5.2 白肋烟分子标记遗传图谱 |
| 1.5.3 烤烟分子标记遗传图谱 |
| 1.5.4 普通烟草SSR标记遗传图谱 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 三个烟草品种的基因组序列数据 |
| 2.1.2 已发表的烟草SSR标记 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 烟草SSR的搜索 |
| 2.2.2 烟草SSR的引物设计 |
| 2.2.3 三个普通烟草品种共有SSR的检测 |
| 2.2.4 与已发表的烟草SSR标记的比较 |
| 2.2.5 烟草SSR在基因组中的定位 |
| 2.2.6 烟草SSR数据库的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 三个烟草品种的SSR搜索结果 |
| 3.1.1 烟草SSR重复单位长度的分布 |
| 3.1.2 烟草SSR重复次数的分布 |
| 3.1.3 烟草SSR基序的分布 |
| 3.1.4 引物开发的数量 |
| 3.2 烟草SSR的多态性 |
| 3.2.1 多态性水平与重复单位长度的关系 |
| 3.2.2 多态性水平与基序重复次数的关系 |
| 3.2.3 多态性水平与基序的关系 |
| 3.3 搜索SSR结果与多态性SSR基序长度的比较 |
| 3.4 新开发的SSR在遗传图谱中的定位 |
| 3.5 数据库的建设和使用 |
| 3.5.1 SSR标记信息查询首页 |
| 3.5.2 SSR查询结果 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）烟草根结线虫病抗性关联分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 烟草根结线虫病研究概况 |
| 1.1.1 烟草根结线虫病的危害 |
| 1.1.2 烟草根结线虫病病原特征 |
| 1.1.3 植物对根结线虫的抗性 |
| 1.1.4 烟草根结线虫病抗性鉴定 |
| 1.1.5 烟草根结线虫病防治 |
| 1.2 根结线虫病抗性基因及其分子标记研究 |
| 1.3 烟草遗传多样性研究进展 |
| 1.4 关联分析研究现状 |
| 1.4.1 关联分析的定义及优势 |
| 1.4.2 连锁不平衡 |
| 1.4.3 关联分析在植物中的应用 |
| 2 引言 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 烟草供试材料 |
| 3.2 药品和试剂 |
| 3.3 主要仪器 |
| 3.4 烟草根结线虫病抗性鉴定 |
| 3.4.1 病原线虫的繁殖 |
| 3.4.2 抗病性鉴定 |
| 3.4.3 病情评价方法 |
| 3.5 基因型分析 |
| 3.6 群体结构分析 |
| 3.7 亲缘关系分析 |
| 3.8 关联分析 |
| 3.9 试验技术路线 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 烟草种质根结线虫病抗性评价 |
| 4.2 SSR标记分析 |
| 4.3 品种聚类分析 |
| 4.4 群体遗传结构分析 |
| 4.5 Kinship分析 |
| 4.6 烟草种质连锁不平衡分析 |
| 4.7 烟草根结线虫病抗性性状关联分析 |
| 4.8 关联分析中四种统计模型的比较 |
| 5 结论与讨论 |
| 5.1 遗传多样性分析 |
| 5.2 群体遗传结构分析 |
| 5.3 SSR位点的连锁不平衡 |
| 5.4 表型性状与分子标记的关联分析 |
| 5.5 试验存在的问题及改进方法 |
| 5.6 结论 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
（8）新疆陆地棉SSR指纹图谱构建及品种真实性和纯度鉴定研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 DNA指纹图谱技术发展概况及特点 |
| 1.2 品种真实性鉴定和纯度检测常用方法及研究进展 |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 第2章 SSR核心引物的筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 利用SSR快速鉴定棉花品种真实性和纯度 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）烟草EST-SSR标记的开发和遗传多样性的分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 烟草的概述 |
| 1.1.1 烟草属植物的起源和传播 |
| 1.1.2 烟草属植物的进化史 |
| 1.1.3 烟草属植物的分类 |
| 1.2 分子标记的概述 |
| 1.2.1 DNA分子标记的分类 |
| 1.2.2 分子标记在烟草遗传育种中的应用 |
| 1.3 EST-SSR标记的概述 |
| 1.3.1 EST-SSR标记的开发 |
| 1.3.2 不同植物中EST-SSR标记的分布频率和特点 |
| 1.3.3 EST-SSR标记的在植物研究中的应用 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 第2章 烟草EST-SSR和genomic SSR的信息分析 |
| 2.1 实验方法 |
| 2.1.1 烟草EST- SSR的开发 |
| 2.1.2 烟草genomic SSR的开发 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 烟草EST-SSR的分布频率 |
| 2.2.2 烟草EST-SSR的分布特点 |
| 2.2.3 烟草genomic SSR的分布频率 |
| 2.2.4 烟草genomic SSR的分布特点 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 烟草EST-SSR的分布频率和特点 |
| 2.3.2 林烟草和绒毛状烟草genomic SSR的分布特点 |
| 2.3.3 烟草EST-SSR与genomic SSR的比较分析 |
| 第3章 烟草EST-SSR标记的建立 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 烟草基因组DNA的提取 |
| 3.2.2 烟草EST-SSR引物的设计与合成 |
| 3.2.3 PCR反应体系的建立 |
| 3.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶的制备以及PCR产物的电泳检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 烟草叶片DNA的提取 |
| 3.3.2 烟草EST-SSR引物的筛选 |
| 3.3.3 EST-SSR引物的多态性检测 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 烟草EST-SSR标记的多态性 |
| 3.4.2 本研究中烟草EST-SSR标记开发的方法改进 |
| 第4章 烟草EST-SSR标记在种质资源中的遗传多样性研究 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 烟草EST-SSR引物 |
| 4.2.2 PCR反应体系的建立 |
| 4.2.3 变性聚丙烯酰胺凝胶的制备以及PCR产物的电泳检测 |
| 4.2.4 数据统计与分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 烟草遗传多样性检测 |
| 4.3.2 烟草种质资源遗传多样性的分子聚类 |
| 4.3.3 烟草种质资源遗传多样性的主成分分析 |
| 4.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（10）分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 分子标记技术 |
| 2 烟草化学成分连锁基因定位 |
| 3 烟草普通农艺性状连锁基因定位 |
| 4 烟草抗病性连锁基因定位 |
| 4.1 烟草真菌病抗性基因定位 |
| 4.2 烟草细菌病抗性基因定位 |
| 4.3 烟草病毒病抗性基因定位 |
| 4.4 烟草虫害抗性基因定位 |
| 5 讨论与展望 |
| 5.1 加强新型分子标记技术在烟草中的应用 |
| 5.2 加强烟草特殊性状的基因定位与分析 |
| 5.3 加强分子标记在野生烟草性状中的研究 |
| 5.4 加强特殊性状连锁基因定位的后续研究 |
| 5.5 加强研究资源的合理配置 |
四、烤烟品种的RAPD引物筛选（论文参考文献）
- [1]雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析[D]. 王琰琰. 中国农业科学院, 2021
- [2]基于SSR标记的烟草DNA指纹图谱的构建与遗传分析[D]. 钱雨清. 山东农业大学, 2021(01)
- [3]基于烟草转录组的SNP标记开发及其初步应用[D]. 吴宇瑶. 贵州大学, 2020(01)
- [4]SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析[J]. 轩贝贝,胡利伟,田阳阳,过伟民,郭建华,刘魁,王正旭,田栾栾,赵艳珍,孟祥宇,余涵,张艳玲. 烟草科技, 2020(03)
- [5]烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图[D]. 赖瑞强. 广州大学, 2019(01)
- [6]普通烟草微卫星标记的电子开发及数据库建设[D]. 迟文超. 福建农林大学, 2018(05)
- [7]烟草根结线虫病抗性关联分析[D]. 张铭真. 河南农业大学, 2017(05)
- [8]新疆陆地棉SSR指纹图谱构建及品种真实性和纯度鉴定研究[D]. 王欣怡. 新疆农业大学, 2017(02)
- [9]烟草EST-SSR标记的开发和遗传多样性的分析[D]. 杨玉娇. 湖北大学, 2015(04)
- [10]分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展[J]. 罗昭标,陈欢,毛华,占资抚,王木荣. 生物技术通讯, 2014(01)