一、我国不同人群的抗-TTV血清流行病学及TTV基因不同区段的分子流行病学研究(论文文献综述)
李凯[1](2014)在《江西省猪群中三种小DNA病毒的分子流行病学研究》文中认为近年来,猪群中新发病原不断,特别是小DNA病毒直接或间接地给养猪业造成了巨大的经济损失。猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2, PCV2)、猪输血传播病毒(Porcine torque sus tenovirus, TTSuV)及猪博卡病毒(Porcine bocavirus, PBoV)都是小DNA病毒,其基因组序列全长在1.7kb-5.9kb之间。在研究我省PCV2、TTSuV和PBoV分子流行病学中,根据PCR引物设计原则,运用现代分子生物学技术,本实验目的在于建立能同时检测出猪圆环病毒2型(PCV2)和猪博卡病毒(PBoV)的两重PCR检测方法及猪输血传播病毒1型(TTSuV1)和猪输血传播病毒2型(TTSuV2)之间的多重套式PCR检验方法。分别通过对各个单项PCR的引物浓度、最佳退火温度等实验条件进行不断优化,建立起最优的检测体系。对江西省23个地区2013年采集的疑似圆环病毒2型感染的各阶段同一病猪的肺、脾脏、淋巴结及小肠组织121份进行PCV2和PBoV两重PCR检测,共检出PCV2阳性病料数为79份,阳性率为65.29%,PBoV阳性病料数为68份,阳性率为56.2%,PCV2和PBoV混合感染数为59份,感染率为48.67%。对江西省9个地区的67份血液样品和相应组织样品进行了检测,结果表明猪群中TTSuV1和TTSuV2感染总阳性率分别为55.22%和65.67%,二者的混合感染率为41.79%。34份样品表现为PCV2和TTSuV1的混合感染,占样品总数的50.75%;42份样品表现为PCV2和TTSuV2的混合感染,占62.69%;另外,还有28份样品为三重感染,占41.79%。同时,还在试验中建立了一种用于快速检测PCV2的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,该方法比传统PCR灵敏度高出100倍,且对PCV2有很高的特异性。分别使用传统PCR方法和LAMP方法对121份疑似PCV2样品进行检测,结果表明:LAMP方法的检出率为65.29%,与传统PCR方法检出率相同,PCR方法和LAMP方法检测样品的阳性符合率为100%。最后,根据GenBank上公布的序列设计一对PCV2全基因序列扩增的背对背引物,经过扩增测序后获得到了9条PCV2全基因序列,通过对这9株PCV2江西省地方流行毒株全基因序列核苷酸及蛋白序列分析及制作遗传进化树,结果显示:9株PCV2江西省地方流行毒株中,有8株基因组序列全长为1767bp,1株全基因组序列全长为1768bp。同源性分析结果表明,9株PCV2之间的核苷酸同源性为94.7%-99.8%,将这9株全基因序列与GenBank己发表的27株PCV2分离株基因组序列比较,发现其同源性为94.3%-99.8%;遗传进化树显示9株PCV2江西分离株主要分为3种基因型,其中九江株(JJ-JX-CN)、高安株(GA-JX-CN)、新建株(XJ-JX-CN)、南昌株(NC-JX-CN)和宜春株(YC-JX-CN)这5株与AF055394(英国株)同属于PCV2b亚型,亲缘关系较近;吉安株(JA-JX-CN)、抚州株(FZ-JX-CN)和上饶株(SR-JX-CN)与AY181946(中国株)同属于PCV2d亚型,形成一个大分支。赣州株(GZ-JX-CN)与AB426905(日本株)参考株同属于PCV2a亚型;分析这9株PCV2的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列与参考株同源性,发现分别为91.2%-99.9%和80.3%-100%,存在较大的变异可能。而分析其ORF1和ORF3核苷酸及其所推导的氨基酸序列与参考株同源性,发现分别为96.9%-100.0%和97.8%-99.7%,97.1%-100%和96.2%-100%,变异程度较小。这对及时更好地了解PCV2在及其对江西地区的流行和进化情况,提供了理论依据及参考意义。
张洪兵[2](2014)在《昆明市体检人群输血传播病毒分子流行病学研究》文中指出输血传播病毒(Torque teno virus, TTV)是一种无囊膜的单股负链DNA病毒,关于其病毒分类尚有争议,目前该病毒归于圆环病毒科(Circoviridae)指环病毒属(Anellovirus)。该病毒发现于1997年,一位日本学者采用差异显示分析法(representational difference analysis, RDA)在一例心脏手术输血后发生急性感染的非甲-庚型肝炎病人进行血清分析时发现的,被称为输血传播病毒。研究发现TTV可感染人和多种动物,且在人群中的感染率很高。输血传播病毒呈世界性分布,它的基因组有高度的变异性,在人与动物中的流行状况也不尽相同,而目前国内的研究尚缺乏对更多不同地区的人类输血传播病毒流行病学的研究数据,这就包括病毒的基因型别和感染率。此外,无论是体内实验还是体外实验,输血传播病毒的研究进展都较为缓慢,尤其是病毒在健康人群的流行病学。因此,为了了解该病毒的分子流行病学特点,和全基因组特征,以及为输血传播病毒所可能带来的疾病提供科学的防控依据,本实验对昆明市体检人群血清样品开展了输血传播病毒感染的分子流行病学研究。本研究中,提取昆明市体检人群血清中的病毒基因组,根据GenBank上发表的TTV标准株序列(AB008394),并参考相关文献,设计合成针对TTV核苷酸序列较为保守的非编码区(Untranslated Region, UTR)的引物,建立了用于检测人TTV的巢式PCR方法。对昆明市某高校体检人群的224份血液样品进行了检测,检测到了151份,结果表明体检人群中TTV的感染率达到了67.41%。依据国外已经发表的研究,针对输血传播病毒核苷酸序列变异率比较大的开放阅读框1(Open Reading Frame one, ORF1)设计并合成了N22区引物,同时合成了输血传播病毒第四基因群(Group4,G4)和第五基因群(Group5,G5)的分型引物,对上一步扩增较好的样品120份进行分型实验。以PCR方法对鉴定引物筛选为阳性的血清样品进行基因分型。对其中PCR扩增效果较好的样品进行序列测定与分析,建立系统进化树。分型结果表明,N22区引物扩增出了21份,占实验样品的17.5%,以G4引物扩增了50份样品,检测出了13份阳性,比例为26%,G5引物扩增了50份,检出24份,阳性率为48%。大部分毒株与TTV Gla型相符合,而进化关系稍远的有可能是基因变异造成成的。设计并合成了五对引物,对TTV全基因组进行克隆与序列测定,并进行了序列拼接,建立了此株病毒的系统进化树,分析了氨基酸的同源性。系统进化分析表明此毒株属于TTV1a型。核苷酸同源性与氨基酸同源性分析表明与TTV1a型的相似度最高。以上研究结果表明,输血传播病毒在昆明市体检人群中的检出率为67.41%,由此推断此病毒在昆明还是有着较高的流行率:基因分型和系统进化分析表明,昆明的优势流行株还是TTV的G1a型。本实验对昆明市体检人群输血传播病毒的分子流行病学作了较为系统的调查研究,以上研究结果为输血传播病毒在体检人群中的流行状况和基因型别提供了参考依据,为输血传播病毒的进一步研究打下了坚实基础。
刘运保,梁伟文,喻红玲,虢娟,邓凯航,林雪珍[3](2013)在《瑶族无偿献血者输血传播病毒(TTV)感染分析》文中提出目的研究广东瑶族无偿献血者输血传播病毒(TTV)感染现状。方法采用ELISA法检测血清中抗-TTVIgG,并用PCR法对部分血样进行TTV-DNA检测。结果 376例瑶族无偿献血者检出抗-TTV-IgG阳性176例,阳性率46.81%,男、女阳性率分别为47.94%和45.60%,差异无统计学意义(χ2=0.205,P>0.05)。147例样本检出TTV-DNA 12例,阳性率8.16%,男、女TTV-DNA阳性率分别为9.21%和7.04%,差异无统计学意义(χ2=0.230,P>0.05)。67例抗-TTV-IgG阳性无偿献血者TTV-DNA阳性率5.97%,80例抗-TTV-IgG阴性无偿献血者TTV-DNA阳性率为10.00%,抗-TTV-IgG阳性样本与阴性样本中TTV-DNA阳性率比较差异无统计学意义(χ2=0.790,P>0.05)。结论广东瑶族无偿献血者存在较高TTV既往感染。
赵玲[4](2011)在《猪输血性传播病毒1型和2型PCR检测方法的建立及其全基因组克隆与序列分析》文中研究说明根据基因型的不同,参照GeneBank上发表的TTV1(GU570198.1)和TTV2(AY823991.1)的序列,各设计两对巢式引物用于检测TTV1和TTV2。采集生猪血液样品若干份,提取病毒DNA,用巢式PCR技术,扩增出TTV1、TTV2非编码区特异性目的基因片段,将目的片段回收进行克隆测序,以确定为感染TTV1与TTV2病毒。再用阳性TTV DNA为模板,对巢式PCR反应条件进行优化,通过重复性、敏感性、特异性试验来验证该方法的准确性。最后,将优化好的TTV1、TTV2检测方法用于对所采集的127份血清样品进行PCR检测。结果可看出,本研究建立的巢式PCR检测方法重复性、敏感性、特异性较好,适用于临床大规模的检测。针对四川省采集鉴定为TTV1和TTV2阳性的血清样品各两份,参照GeneBank上发表的猪输血性传播病毒1型(TTV1)和2型(TTV2)全基因组核苷酸序列(AB076001.1、GU456386.1),设计特异性引物,采用巢式PCR的方法扩增TTV1和TTV2全基因组序列,分别进行克隆、测序和拼接,并对其进行遗传进化分析和同源性分析。结果表明,两株TTV1基因组全长分别为2852bp和2917bp;两株TTV2基因组全长分别为为2802bp和2798bp,TTV1-SC1、TTV1-SC2与已公布的TTV1基因组序列相似性分别为81%~95%、82%~94%。TTV2-SC1、TTV2-SC2与已公布的TTV2基因组序列相似性分别为88%-99%、80%-96%。系统进化树分析表明,分离株TTV1-SC1与TTV1 Bj10株(HM633251.1)亲缘关系最近,分离株TTV2-SC2与TTV2SH0822/2008株(GU450331.1)亲缘关系最近,分离株TTV2-SC1、TTV2-SC2与PTTV2c-VA株(GU456386.1)亲缘关系最近。通过对TTV.ORF1蛋白抗原性分析,疏水性分析和二级结构分析,推测TTV1-SC1-ORF1的抗原表位集中在155aa。173aa、409aa-423aa和470aa-497aa这三个区域之间。TTV1-SC2-ORF1的抗原表位集中在46aa-62aa、169aa-175aa和321aa-337aa这三个区域之间。而TTV2两个毒株的一级结构同源性较高,氨基酸的差异并没有影响到蛋白质的抗原性,推测TTV2.SC1-ORF1和TTV2-SC2-ORF1的抗原表位都集中在268aa-279aa、379aa-390aa、505aa-511aa和517aa-533aa这四个区域之间,这些分析结果是否能说明此区域就是真正的抗原表位,还需实验证实。本研究有利于监测猪TTV1与TTV2的疫源和进化情况,为进一步深入研究病毒形态结构、遗传与变异和基因功能特点奠定一定的生物学基础。
陈庆新[5](2006)在《圆环病毒2型感染的流行病学分析及其突变体致病性》文中认为猪圆环病毒2型(Porcine circovims type 2,PCV2)属于圆环病毒科,基因组全长为1768nt或1767nt,除ORF1和ORF2两大阅读框外,还潜在9个ORFs。ORF1编码与病毒复制相关的Rep蛋白,ORF2编码PCV2免疫相关的蛋白Cap。PCV2是引起PMWS的主要病原,主要表现为免疫系统的损伤,使感染猪处于严重免疫抑制状态。本课题主要进行了PCV2的血清流行病学,分子流行病学和基因组各阅读框的致病性等方面的研究。应用无PCV污染的PK-15细胞分离病毒,从浙江省境内11个地市分离获得10株PCV2病毒。分离的病毒株经超速密度梯度离心纯化后,电镜下可观察到直径17-20nm的病毒粒子;分离病毒株的核苷酸测序结果显示,所用分离株的基因组长度均为1767bp。应用IFA技术,对浙江省内11个不同地区104个规模化猪场2000-2004年期间的4,307个血清样本进行PCV2的血清学流行病学调查,通过对不同地区、年份、年龄和品种猪的血清学数据分析,结果显示,所检测浙江省猪场均存在PCV2感染,猪群PCV2感染率为68.10%,种猪感染的血清阳性率为66.88%,断奶后猪感染的血清阳性率为82.10%。长白种猪感染的血清阳性率为44.83%、长白仔猪PCV2感染的血清阳性率为64.28%,明显高于大约克和杜洛克的种猪和仔猪。PCV2感染的血清阳性率高的种猪和仔猪群,其PRRSV和PRV的抗体阳性率低。通过对未免疫PRRSV疫苗的猪场进行血清学调查发现,PCV2感染率高的猪群,其PRRSV的感染率也随之升高。这些结果说明PCV2在猪群中的感染非常普遍,不同品种猪对PCV2的易感性不同,PCV2的感染降低了猪群对疫苗的免疫应答,PCV2的感染增加了PRRSV感染水平。以IFA和IPMA技术,对2004-2005年2,352份人血清与2005年奶牛、鸡、鸭、和山羊血清进行PCV2相关抗体的血清学检测,在689份人血清中检测到PCV2相关抗体,PCV2相关抗体阳性率为29.3%,没有在奶牛、鸡、鸭、和山羊中检测到PCV2相关抗体的存在。数据分析表明:2005年人群中PCV2的阳性率显着高于2004年(p<0.01);不同地区PCV2相关抗体阳性率差异不显着性(p>0.05);40至49年龄段人群抗体阳性率最高(OR=1.390[95%CI,1.011-1.9101,p=0.042),女性的阳性率高于男性;PCV2相关抗体阳性率与HBV感染和ALT水平的升高不存在相关性。根据PCV2-HZ0201株序列设计引物,扩增HZ0201的全基因组和各ORF突变全基因组,构建PCV2-HZ0201正常、ORF3和ORF4双突变(PCV2-MF3/4)、ORF5至11单ORF突变(PCV2-MF5至11)等基因组的重组质粒;将实验室保存的PCV2-MF3和PCV2-MF4与本研究中构建重组质粒中的PCV2全基因酶切,环化后转染PK-15细胞,转染细胞进行连续6次传代。PCV2正常的感染性克隆、PCV2-MF3、MF4、MF5、MF9、MF10和MF11在转染后和传代后均能够用PCR和IFA检测到PCV2病毒的存在,测序分析显示突变位点仍然存在;TCID50测定结果显示与野毒株相比未见明显差异,而ORF3-ORF4、ORF6、ORF7和ORF8缺失后则不能检测到病毒抗原和核酸存在。这些结果表明,ORF3-ORF4、ORF6、ORF7和ORF8或其突变点可能与病毒的复制有关;而ORF5、ORF9、ORF10、和ORF11或其突变点与病毒的复制无关。将PCV2-HZ0201、正常感染性克隆(IC)及突变体(PCV2-MF3至5、PCV2-MF9-11),腹腔和鼻内接种8周龄BALB/c小鼠,研究突变后的PCV2对小鼠致病性变化。PCV2-HZ0201、IC、PCV2-MF3和PCV2-MF4组,在7-14天出现抗体,28天左右抗体水平最高,随后开始下降;PCV2-MF5、PCV2-MF9至11接种后14-21天出现抗体,35天左右抗体水平最高,随后开始下降。PCV2-HZ0201,IC,PCV2-MF4、PCV2-MF9和PCV2-MF10通过Caspase-3和Caspase-8途径诱导细胞凋亡,感染后21天脾脏凋亡细胞数显着上升,CD3+CD4+、CD4+CD8+和CD3+CD8+T淋巴细胞数量显着下降,病理切片可观察到淋巴细胞缺失和凋亡现象,并出现病毒血症;感染后42天有所恢复。PCV2-MF3和PCV2-MF5接种小鼠后未诱导脾脏内凋亡细胞水平升高,和CD3+CD4+、CD4+CD8+和CD3+CD8+T淋巴细胞数量显着降低,大部分小鼠切片未观察到明显病理变化和病毒血症。PCV2-MF11感染小鼠后21天未显着诱导脾脏细胞凋亡和降低CD3+CD4+和CD3+CD8+T淋巴细胞数量;但感染后42天显着降低CD3+CD4+和CD3+CD8+T淋巴细胞数量,并出现病毒血症和脾脏淋巴细胞缺失现象。以上结果表明,ORF3,ORF5和ORF11突变后部分的改变了PCV2的致病性,可能存在于PCV2基因组中,是构成致病力的一部分;而ORF9和ORF10突变后没有引起PCV2致病性发生明显变化,与PCV2的致病性无关,其存在的可能性很小。ORF4突变后造成了PCV2一定程度的降低,但不十分显着,或许其致病性的激活需要其他因素,如免疫刺激等,其存在性仍值得进一步探究。
李庆平,侯佩强[6](2006)在《TT病毒研究进展》文中研究指明
张华东[7](2006)在《TT病毒的检测及与肝病关系的临床研究》文中进行了进一步梳理背景和目的 病毒性肝炎是对人类健康危害严重的传染病之一,目前已发现并确认的肝炎病毒有甲、乙、丙、丁、戊、庚6种,但仍有10%~20%的肝炎患者找不到任何已知的血清学肝炎病毒感染标志,肝炎病人病因不明,提示尚存在其它未被发现的肝炎病毒。1997年底,日本的Nishizawa等使用代表性差异分析法(representational difference analysis,RDA)从一名姓名为TT的输血后非甲~庚型肝炎患者血清中克隆到一段与目前已知的任何DNA序列都没有明显同源性的未知DNA序列,证实其与输血后肝炎高度相关,并把该基因片段可能代表的病毒以病人的名字命名为TT病毒(TTV)。目前我国对TTV的感染流行情况、基因检测分型等有初步报道,但各地对TTV的感染率报道差别较大,特别是和国外的相关报道差别更为明显。本课题旨在探讨TTV在东营地区的感染情况、TTV的传播途径、TTV和人类肝病的关系,以及TTV是否为非甲~非庚肝炎的致病因子、致病特征等。 方法 目前TT病毒的诊断和分型依赖聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)。对PCR扩增后获得产物采用核酸杂交、酶切和测序的方法来判断分析结果。我们采用微板核酸杂交酶免疫方法对TTV基因扩增产物进行定性检测。由于TTV在血清中的含量很低,我们在检测过程中进行了二次PCR扩增,对第二次产物通过琼脂糖凝胶电泳定性鉴定。然后对阳性结果再获得一次产物,应用双探针杂交技术,用ELISA法进行确认TTV DNA。 统计方法:应用SPSS软件包对数据进行处理,采用χ2检验及方差分析进行统计分析。 结果
许慧霞[8](2005)在《TTV抗原ORF1的基因克隆及原核表达》文中提出研究背景及目的:肝炎是一种严重危害人类健康的传染病,目前已发现和确认的肝炎病毒有甲、乙、丙、丁、戊、庚型。1997年底日本学者Nishizawa运用代表性差异技术(Reprentational difference analysis)从一名非甲-庚型肝炎病人(TTV)的血清中发现了输血传播病毒(Transfusion transmitted virus,TTV)。TTV基因组为单股线状DNA,目前已测定的核苷酸序列长约3.8kb,有两个开放读码框架(ORF),ORF1位于该基因组的589-2898位核苷酸,编码770个氨基酸,ORF2位于107-712位核苷酸,编码202个氨基酸;ORF1可能编码病毒的结构蛋白,ORF2可能编码病毒的非结构蛋白;可以通过垂直传播,生物学特征与某些动物单链DNA病毒(微小病毒B19)相似。TTV的基因分型从已报道的TTV DNA部分基因序列来看,TTV DNA具有高度变异性,采用聚合酶链反应(PCR)检测血清TTV DNA是诊断TTV感染的主要手段。目前还未证实TTV感染引起肝损伤和影响肝功能,但TTV可引起ALT升高,出现病毒血症,并且在局部地区爆发性流行,同时TTV常和HBV及HCV共同感染。TTV在非甲至非庚型肝炎患者中的感染率较高,可能是非甲至非庚型肝炎的主要致病因子,现国内对TTV的研究资料还很缺乏,本实验的意义在于将TTV-ORF1 DNA构建原核表达载体并获得高效表达,为TTV的ELISA检测和疫苗的抗原研究提供基础。 方法:从TTV病毒感染者外周血中提取DNA,用PCR从中扩增出目的基因,酶切PCR扩增产物并进行纯化获得TTV-ORF1 DNA,插入载体pGEM-T Easy中,转化JM109感受态细菌中,随受体菌的生长繁殖,重组DNA分子得以复制扩增;运用
潘发愤[9](2005)在《TTV研究现状与进展》文中认为
齐栋[10](2005)在《延边地区丙型肝炎患者合并IT病毒感染的检测》文中研究说明目的:检测丙型肝炎患者血清标本中的TT病毒(transfusion transmitted virus,TTV),了解延边地区丙型肝炎患者合并TTV感染状况。方法:采用酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测延边地区45例丙型肝炎患者血清中抗TTV-IgG:采用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)检测丙型肝炎病毒(HCV)感染患者血清中TTV DNA;并将上述两种实验方法进行比较。并且采用全自动生化分析仪检测丙氨酸氨基转移酶(ALT)和天冬氨酸氨基转移酶(AST)。结果:45例丙型肝炎患者TTV-IgG阳性率为37.8%(17/45);巢式PCR阳性率为42.2%(19/45);ELISA法与PCR法对TTV感染的检测一致率为86.7%(39/45)。结论:(1) 延边地区HCV感染患者重叠感染TTV较常见。(2) ELISA法与PCR法都可作为检测TTV感染的手段。(3) 首次利用ELISA与PCR两种检测方法对延边地区丙型肝炎患者合并TTV感染情况进行了报告,而且两种方法作为检测手段无统计学意义。
二、我国不同人群的抗-TTV血清流行病学及TTV基因不同区段的分子流行病学研究(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、我国不同人群的抗-TTV血清流行病学及TTV基因不同区段的分子流行病学研究(论文提纲范文)
(1)江西省猪群中三种小DNA病毒的分子流行病学研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
上篇 文献综述 |
第一章 圆环病毒 2 型分子生物学研究进展 |
1 病原学及分子流行病学研究 |
1.1 病原学 |
1.2 PCV 流行病学调查 |
2 PCV2 致病机理 |
2.1 PCV1 和 PCV2 的分子生物学差异分析 |
2.2 PMWS 的病原学分析 |
2.3 PMWS 致病机理的细胞及分子免疫学分析 |
3 PCV2 诊断技术研究进展 |
3.1 抗原检测 |
3.2 抗体检测 |
4 PCV2 疫苗的研究进展 |
第二章 猪输血传播病毒研究进展 |
1 研究概述 |
2 TTSuV 的研究现状 |
2.1 TTSuV 基因组 |
2.2 TTSuV 流行病学调查 |
2.3 TTSuV 感染特点 |
2.4 TTSuV 传播途径 |
2.5 TTSuV 致病性研究 |
2.6 TTSuV 检测方法 |
第三章 猪博卡病毒的研究进展 |
1 病原学发展简介 |
2 分子特征 |
3 流行病学研究 |
3.1 分布特点 |
3.2 流行感染特点 |
3.3 分子流行病学研究方法 |
4 研究展望 |
第四章 环介导等温扩增技术概述 |
1 LAMP 扩增原理 |
2 LAMP 的特点 |
2.1 快速性和高效性 |
2.2 灵敏度高 |
2.3 特异性高 |
2.4 检测方便 |
2.5 操作简单 |
2.6 RT-LAMP |
3 LAMP 的不足 |
4 LAMP 技术的应用 |
下篇 实验研究 |
第五章 PCV2和PBOV两重 PCR 检测方法的建立与临床样品的检测分析 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 临床样品及病料的采集 |
1.4 引物合成 |
1.5 病料预处理 |
1.6 DNA 的提取 |
1.7 扩增目的片段 |
1.8 产物电泳 |
1.9 胶回收 |
1.10 T-A 克隆目的片段 |
1.11 重组质粒的 PCR 鉴定 |
1.12 扩增片段测序分析 |
1.13 优化单项 PCR |
1.14 多重 PCR 条件优化 |
2 结果 |
2.1 单项 PCR 引物浓度及退火温度的确定 |
2.2 多重 PCR 反应条件的优化及确定 |
2.3 PCV2 及 PBoV 江西地区的流行病学调查 |
2.4 产物序列分析 |
3 小结与讨论 |
第六章 TTSUV1 和 TTSUV2 多重套式 PCR 检测的建立及临床样品检测分析 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 引物合成 |
1.4 病料样品的预处理 |
1.5 DNA 的提取 |
1.6 目的片段的 PCR 扩增 |
1.7 胶回收 |
1.8 T-A 克隆目的片段 |
1.9 PCR 鉴定重组质粒 |
1.10 单项套式 PCR 条件的优化 |
1.11 建立多重套式 PCR 检测方法 |
2 结果 |
2.1 单项套式 PCR 引物浓度及退火温度的确定 |
2.2 多重 PCR 反应条件的优化及最终反应条件 |
2.3 TTSuV1、TTSuV2 及 PCV2 江西地区的流行病学调查 |
2.4 多重套式 PCR 产物的序列分析 |
3 小结与讨论 |
第七章 猪圆环病毒 2 型江西分离株全基因组的克隆、测序及分析 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.2 方法 |
2 结果与分析 |
2.1 PCV2 全基因组临床样品的 PCR 扩增 |
2.2 重组质粒的酶切鉴定 |
2.3 PCV2 江西分离株全基因组分析 |
3 小结与讨论 |
3.1 引物设计 |
3.2 PCV2 全基因组核苷酸序列比较 |
3.3 PCV2 江西分离株的遗传进化分析 |
3.4 PCV2 江西分离株 ORF2 和 ORF3 核苷酸及其编码氨基酸序列分析 |
3.5 PCV2 的 ORF3 蛋白的功能研究 |
第八章 猪圆环病毒 2 型 LAMP 检测方法的建立及临床样品检测 |
1 材料与方法 |
1.1 病料来源 |
1.2 引物 |
1.3 主要试剂 |
1.4 主要仪器 |
1.5 总 DNA 的提取 |
1.6 LAMP 反应体系优化 |
2 结果 |
2.1 最佳镁离子浓度 |
2.2 最佳内外引物比 |
2.3 最佳扩增温度 |
2.4 最佳扩增时间 |
2.5 扩增产物酶切结果 |
2.6 LAMP 和 PCR 灵敏性试验结果 |
2.7 特异性分析结果 |
2.8 可视性观察结果 |
3 临床样品的检测结果 |
4 小结与讨论 |
4.1 小结 |
4.2 讨论 |
全文总结 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(2)昆明市体检人群输血传播病毒分子流行病学研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
插图和附表清单 |
英文缩略词索引 |
第一章 绪论 |
1.1 输血传播病毒概述 |
1.1.1 TTV病毒理化及生物学特性 |
1.1.2 TTV所属科属 |
1.2 输血传播病毒基因组及其重要蛋白研究进展 |
1.2.1 TTV基因组特点 |
1.2.2 TTV的蛋白质 |
1.2.3 TTV基因群 |
1.3 输血传播病毒可能的致病性 |
1.3.1 肝损伤 |
1.3.2 肺部疾病 |
1.3.3 血液学疾病 |
1.3.4 特发性炎症性肌病 |
1.3.5 免疫学状况 |
1.3.6 系统性红斑狼疮 |
1.4 输血传播病毒在人体组织的分布 |
1.5 输血传播病毒传播途径 |
1.5.1 血液传播 |
1.5.2 粪-口途径传播 |
1.5.3 母婴垂直传播 |
1.5.4 飞沫传播 |
1.5.5 性传播 |
1.6 输血传播病毒流行状况 |
1.7 输血传播病毒检测方法 |
1.8 本研究的目的和意义 |
第二章 昆明体检人群TTV分子流行病学调查 |
2.1 材料和方法 |
2.1.1 材料 |
2.1.2 方法 |
2.2 结果 |
2.2.1 血清样品PCR检测 |
2.2.2 重组质粒双酶切鉴定 |
2.2.3 重组质粒序列测定与分析 |
2.3 讨论 |
2.3.1 检测体系的评价 |
2.3.2 对检测结果的分析 |
2.3.3 由输血传播病毒感染所引发的思考 |
2.4 小结 |
第三章 输血传播病毒变异分析 |
3.1 材料和方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果 |
3.2.1 分型引物PCR检测 |
3.2.2 序列测定及分析 |
3.2.3 同源性及遗传进化分析 |
3.3 讨论 |
3.3.1 分型引物的设计 |
3.3.2 TTV基因型的特点 |
3.4 小结 |
第四章 输血传播病毒全基因组序列分析 |
4.1 材料和方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 方法 |
4.2 结果 |
4.2.1 TTV全基因组分段扩增结果 |
4.2.2 各片段重组质粒双酶切鉴定 |
4.2.3 序列拼接 |
4.2.4 系统进化树分析 |
4.2.5 同源性分析 |
4.2.6 重组事件分析 |
4.2.7 TTV结构蛋白疏水性及抗原表位分析 |
4.3 讨论 |
4.4 小结 |
第五章 全文总结 |
展望 |
致谢 |
参考文献 |
附录A 攻读硕士期间发表论文目录 |
(3)瑶族无偿献血者输血传播病毒(TTV)感染分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 标本来源 |
1.2 试剂与仪器 |
1.3 方法 |
1.3.1 抗-TTV-Ig G检测 |
1.3.2 TTV-DNA检测 |
1.4 统计学方法 |
2 结果 |
2.1 抗-TTV-Ig G结果 |
2.2 TTV-DNA结果 |
3 讨论 |
(4)猪输血性传播病毒1型和2型PCR检测方法的建立及其全基因组克隆与序列分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
目录 |
第一章 输血性传播病毒的研究进展 |
1 病原学 |
1.1 TTV的理化性质 |
1.2 TTV DNA的结构和功能 |
1.3 TTV的分型 |
2 流行病学 |
2.1 人的TTV感染 |
2.2 灵长类动物的TTV感染 |
2.3 猪的TTV感染 |
3 致病性 |
4 检测方法 |
4.1 TTV分子生物学的检测方法 |
4.2 TTV分型的检测 |
4.3 TTV的其他检测方法 |
4.3.1 血清免疫学法 |
4.3.2 原位杂交法 |
5 本研究的目的和意义 |
第二章 猪输血性传播病毒1型和2型PCR检测方法的建立 |
前言 |
1 材料 |
1.1 病料与载体 |
1.2 主要试剂及溶液配制 |
1.2.1 主要试剂 |
1.3 主要仪器 |
2 实验方法 |
2.1 PCR引物的设计 |
2.2 病毒总DNA的抽提 |
2.3 PCR扩增 |
2.4 目的基因的克隆 |
2.4.1 PCR产物目的DNA片段的回收 |
2.4.2 连接 |
2.4.3 大肠杆菌DH5α感受态细胞的制备 |
2.4.4 重组质粒的转化 |
2.5 阳性菌的鉴定 |
2.6 目的基因的序列测定 |
2.7 PCR扩增条件的优化 |
2.8 特异性实验 |
2.9 敏感性实验 |
2.10 重复性实验 |
2.11 TTV1、TTV2 PCR检测方法的临床应用 |
3 实验结果与分析 |
3.1 病料PCR扩增产物电泳结果 |
3.2 特异性试验鉴定结果 |
3.3 敏感性试验鉴定结果 |
3.4 重复性试验鉴定结果 |
3.5 PCR的临床应用的鉴定结果 |
3.5.1 采用PCR进行检测 |
3.5.2 TTV1、TTV2的感染情况 |
4 讨论 |
4.1 关于引物设计 |
4.2 关于TTV1、TTV2病毒的确定 |
4.3 关于敏感性试验、特异性试验和重复性试验 |
4.4 关于PCR方法的临床应用 |
第三章 猪输血性传播病毒1型(TTV1)和2型(TTV2)全基因组的克隆与序列分析 |
前言 |
1 材料 |
1.1 试剂与仪器 |
1.2 病料 |
2 方法 |
2.1 TTV1与TTV2全基因组的克隆 |
2.1.1 病毒基因组DNA的提取 |
2.1.2 TTV1与TTV2全基因组的PCR扩增 |
2.1.3 PCR产物的克隆与序列测定 |
2.2 TTV1和TTV2全基因组的生物信息学分析 |
2.2.1 TTV1和TTV2基因组核苷酸序列同源性分析和进化树分析 |
2.2.2 TTV1和TTV2基因组核苷酸重复高变序列分析 |
2.3 TTV1和TTV2 ORF1蛋白结构与功能预测 |
2.3.1 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白抗原性预测分析 |
2.3.2 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白疏水性分析 |
2.3.3 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白二级结构预测 |
2.3.4 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白亚细胞定位预测 |
3 结果与分析 |
3.1 TTV1、TTV2全基因组的PCR扩增 |
3.2 PCR产物的克隆及测序 |
3.3 TTV1、TTV2全基因组序列的拼接 |
3.4 TTV1、TTV2全基因组的序列分析 |
3.4.1 TTV1、TTV2全基因组同源性分析与进化树 |
3.4.2 TTV1、TTV2基因组核苷酸高变缺失序列分析 |
3.5 TTV1、TTV2 ORF1蛋白结构与功能预测 |
3.5.1 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白抗原性分析 |
3.5.2 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白疏水性分析 |
3.5.3 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白的二级结构预测 |
3.5.4 TTV1-ORF1、TTV2-ORF1蛋白亚细胞定位预测 |
3 讨论 |
3.1 关于全基因组克隆 |
3.2 关于序列分析 |
3.3 关于ORF1蛋白分析 |
结论 |
1 TTV1和TTV2 PCR检测方法的建立 |
2 TTV1与TTV2全基因组克隆与序列分析 |
参考文献 |
致谢 |
攻读硕士学位期间发表的论文 |
附录一 TTV1和TTV2全基因组测序结果 |
(5)圆环病毒2型感染的流行病学分析及其突变体致病性(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分 文献综述 |
猪圆环病毒2型研究进展 |
1.病原学研究 |
1.1 PCV2的发现 |
1.2 PCV2的形态和理化特性 |
1.3 PCV2的分类地位 |
1.4 PCV2的分子生物学特征 |
2.流行病学研究 |
2.1 PCV2流行情况及分布 |
2.2 易感动物 |
2.3 传播方式及途径 |
3.PCV2致病机理研究 |
3.1 PCV2导致免疫系统病理的变化 |
3.2 PCV2导致外周血淋巴细胞的变化 |
4.PCV2检测技术 |
4.1 PCR技术 |
4.2 原位杂交 |
4.3 间接免疫荧光实验 |
4.4 免疫过氧化物酶单层细胞实验 |
4.5 酶联免疫吸附实验 |
5.与PCV2相关猪病 |
5.1 断奶后仔猪多系统衰竭综合症 |
5.2 猪肾病与皮炎综合症 |
5.3 猪呼吸疾病综合症 |
5.4 母猪繁殖障碍 |
5.5 肉芽肿性肠炎 |
5.6 仔猪先天性震颤 |
6.TTV相关病毒 |
6.1 TTV相关病毒的发现及分类 |
6.2 TTV的基因组结构特征 |
6.3 TTV的复制与转录 |
6.4 TTV的致病性 |
6.5 TTV的流行病学及检测 |
6.6 猪TTV |
6.7 PCV2与TTV的关系 |
第二部分 研究内容 |
第一章 PCV2分离和全基因组的克隆及序列分析 |
1.材料与方法 |
1.1 病料来源、细胞、载体与试剂 |
1.2 PCV2型病毒检测引物与全基因引物的设计 |
1.3 病料PCV2检测 |
1.4 PCV2病毒分离 |
1.5 PCV2分离株TCID_(50)测定 |
1.6 病毒蔗糖密度梯度离心纯化与形态观察 |
1.7 分离毒株全基因组扩增 |
1.8 分离毒株全基因组的克隆与序列分析 |
2.结果 |
2.1 病料组织的PCR检测 |
2.2 病毒分离与毒力检测 |
2.3 病毒纯化与病毒形态 |
2.4 PCV2分离毒株全基因组的克隆与序列测定 |
2.5 PCV2分离毒株全基因组序列结构分析 |
2.6 不同年份浙江省分离毒株的突变位点分析 |
2.7 分离毒株的同源性与进化 |
2.8 ORF1核苷酸及推导氨基酸序列分析 |
2.9 ORF2核苷酸及推导氨基酸序列分析 |
2.10 ORF3核苷酸及推导氨基酸序列分析 |
3.讨论 |
第二章 PCV2在猪群中感染的血清流行病学调查 |
1.材料与方法 |
1.1 病毒、血清、细胞与试剂 |
1.2 猪血清样本收集 |
1.3 IFA试验 |
1.4 ELISA试验 |
1.5 统计分析 |
2.结果 |
2.1 猪场及猪群的PCV2阳性率 |
2.2 不同年龄段猪的PCV2感染 |
2.3 不同年份采集样品的PCV2抗体阳性率 |
2.4 浙江不同地区猪PCV2抗体阳性 |
2.5 猪的年龄、品种与PCV2血清阳性率 |
2.6 仔猪及种猪与PCV2血清阳性率 |
2.7 PCV2感染与PRV及PRRS疫苗免疫应答 |
2.8 同一猪群中PCV2感染与PRRSV感染相关性分析 |
3.讨论 |
第三章 人群及其他动物中PCV2相关抗体的血清学调查 |
1.材料与方法 |
1.1 病毒、细胞、血清与试剂 |
1.2 人血清样本的收集 |
1.3 奶牛、鸡、鸭和山羊血清样本的收集 |
1.4 IFA试验 |
1.5 IPMA试验 |
1.6 人TTV、TTMV和猪TTV基因序列的收集和序列分析 |
1.7 人血清间接ELISA方法的建立 |
1.8 血清样品检测 |
1.9 统计分析 |
2.结果 |
2.1 研究人群的人口统计学 |
2.2 PCV2在师生中流行情况 |
2.3 不同年份收集血清PCV2相关抗体阳性率 |
2.4 不同地区PCV2相关抗体阳性率 |
2.5 PCV2相关抗体阳性率与年龄、性别、地区、HBV和ALT |
2.6 ALT和HBV检测结果 |
2.7 其他动物血清检测结果 |
2.8 人TTV、TTMV和猪TTV与PCV2的进化分析 |
2.9 间接ELISA最佳反应条件的优化 |
2.10 间接ELISA特异性敏感性试验 |
2.11 血清样品检测 |
3.讨论 |
第四章 PCV2感染性克隆及突变体的构建与体外复制能力研究 |
1.材料与方法 |
1.1 细胞、病毒与试剂 |
1.2 正常感染性克隆及突变体引物设计 |
1.3 病毒DNA模板制备 |
1.4 pMD18-T-PCV2重组质粒构建 |
1.5 单突变位点突变体的构建 |
1.6 双突变位点突变体的构建 |
1.7 DNA环化、细胞转染及检测 |
1.8 感染性试验和TCID_(50)测定 |
2.结果 |
2.1 PCV2分子克隆载体构建及鉴定 |
2.2 突变体的构建及鉴定 |
2.3 正常感染性克隆及各ORF缺失突变体PK-15细胞转染结果 |
2.4 正常感染性克隆及突变体在PK-15细胞上的感染性和复制能力 |
3.讨论 |
第五章 PCV2感染性克隆及其突变体对BALB/C小鼠致病性研究 |
1.材料与方法 |
1.1 细胞、毒株、试验动物、试剂 |
1.2 攻毒试验 |
1.3 感染性克隆及突变体体内致病性和凋亡性测定方案 |
2.结果 |
2.1 各组间PCV2抗体消长规律 |
2.2 小鼠感染后PCV2病毒血症的检测结果 |
2.3 接种小鼠脾脏的组织病理学观察结果 |
2.4 CD3~+、CD4~+、CD8~+T淋巴细胞测定结果 |
2.5 鼠脾脏内细胞凋亡流式分析结果 |
2.6 脾脏细胞内凋亡途经的检测结果 |
3.讨论 |
全文总结 |
参考文献 |
第三部分 附录 |
附录A 常用试剂及仪器 |
附录B 常用缓冲液及培养基配方 |
附录C 攻博期间发表或录用的学术论文 |
致谢 |
(7)TT病毒的检测及与肝病关系的临床研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
符号说明 |
第一部分 TTV检测及东营地区的流行病学研究 |
前言 |
材料和方法 |
一、调查人群和标本来源 |
二、试剂 |
三、主要仪器 |
四、实验项目和检测方法 |
结果 |
一、正常人群血清TTV DNA阳性率及性别间差别比较 |
二、TTV DNA阳性率的年龄趋势 |
三、母婴TTV的垂直传播率和6月龄婴幼儿的感染率 |
讨论 |
一、TTV的发现和基本特征 |
二、流行病学研究 |
结论 |
参考文献 |
第二部分 TTV与人类肝病关系的研究 |
前言 |
材料和方法 |
一、检查人群和标本来源 |
二、试剂 |
三、主要仪器 |
四、实验项目和检测方法 |
结果 |
一、不同类型病毒性肝炎的TTV DNA阳性率 |
二、TTV DNA在不明转氨酶升高、肝炎、肝硬化、肝癌中的阳性率 |
讨论 |
一、TTV在人体的分布 |
二、TTV与甲-戊型肝炎的关系 |
三、TTV与不明转氨酶升高、肝硬化、肝癌的关系 |
结论 |
问题与展望 |
参考文献 |
综述 |
一、TTV的发现 |
二、TTV的分子生物学特征 |
三、TTV的分布 |
四、TTV的传播途径 |
五、TTV的易感人群 |
六、TTV的病理学研究 |
七、TTV感染的临床表现 |
八、TTV的检测方法 |
九、治疗对策 |
十、展望 |
参考文献 |
附图 |
发表论文目录 |
致谢 |
(8)TTV抗原ORF1的基因克隆及原核表达(论文提纲范文)
论文 TTV抗原ORF1的基因克隆及原核表达 |
前言 |
实验材料 |
实验方法 |
结果 |
讨论 |
小结 |
参考文献 |
综述 TTV及其研究进展 |
参考文献 |
缩略语 |
致谢 |
(9)TTV研究现状与进展(论文提纲范文)
1 TTV的病毒学特点 |
2 流行病学 |
3 TTV的复制 |
4 临床与致病性研究 |
5 基因变异研究 |
6 诊断 |
7 TTV的治疗 |
8 存在的问题与展望 |
(10)延边地区丙型肝炎患者合并IT病毒感染的检测(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 前言 |
第二章 实验材料 |
2.1 标本来源 |
2.2 实验仪器 |
2.3 主要试剂 |
2.4 溶液的配制 |
第三章 实验方法 |
3.1 标本的采集与处理 |
3.2 检测抗TTV-IgG |
3.3 TTV DNA的提取 |
3.4 巢式 PCR扩增 |
3.5 肝功能检查 |
3.6 数据处理 |
第四章 结果 |
第五章 讨论 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
附: 综述 |
四、我国不同人群的抗-TTV血清流行病学及TTV基因不同区段的分子流行病学研究(论文参考文献)
- [1]江西省猪群中三种小DNA病毒的分子流行病学研究[D]. 李凯. 江西农业大学, 2014(02)
- [2]昆明市体检人群输血传播病毒分子流行病学研究[D]. 张洪兵. 昆明理工大学, 2014(01)
- [3]瑶族无偿献血者输血传播病毒(TTV)感染分析[J]. 刘运保,梁伟文,喻红玲,虢娟,邓凯航,林雪珍. 热带医学杂志, 2013(10)
- [4]猪输血性传播病毒1型和2型PCR检测方法的建立及其全基因组克隆与序列分析[D]. 赵玲. 四川农业大学, 2011(04)
- [5]圆环病毒2型感染的流行病学分析及其突变体致病性[D]. 陈庆新. 浙江大学, 2006(04)
- [6]TT病毒研究进展[J]. 李庆平,侯佩强. 中国卫生检验杂志, 2006(04)
- [7]TT病毒的检测及与肝病关系的临床研究[D]. 张华东. 山东大学, 2006(12)
- [8]TTV抗原ORF1的基因克隆及原核表达[D]. 许慧霞. 郑州大学, 2005(12)
- [9]TTV研究现状与进展[J]. 潘发愤. 温州医学院学报, 2005(03)
- [10]延边地区丙型肝炎患者合并IT病毒感染的检测[D]. 齐栋. 延边大学, 2005(04)